Linux 筛选文本内容 | awk 与 grep

本文转载自查看原文 2020-08-24 23:22 767 Linux

当你想争对一个文本文件的特定内容进行筛选的时候，第一想到的是用awk还是grep？众所周知(大家都知道)的是grep则以查找著称，而awk是linux上非常强大的文本处理工具，它基本上可以满足大部分日常需求，这篇随笔主要想展示一下分别用这两个工具处理以下两个实际问题。

  * 将gff文件中注释类型为gene的部分提取出来
  * 利用geneID从gff文件中提取该基因所在行号

awk

  `awk -F '\t' '{if($3=="gene")print $0}' The.gff > The.gene.gff'`
  `awk '/"'${geneID}'"/{print NR}' The.gene.gff`

grep

  `grep '^[gene]' The.gff > The.gene.gff`
  `grep -n ${geneID}  The.gene.gff |cut -f1 -d:`

总结
有时候合适的方法或许就是最简单的方法，研0菜鸟，有不对的地方请严厉地批评我，我立马改！！！

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