1. 下载安装包
安装包下载地址是http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/，选择自己合适的版本，我下载1.9.3版本
2. 安装必要库
yum install freeglut*
3. 解压
tar zxvf vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz
4. configure
cd vmd-1.9.3 ./configure LINUXAMD64 # 不加后面选项会报错
5. 编译
cd src
make install
6. 运行
vmd