cmd 输入命令 netstat -ano 查看所有端口的占用情况； 6080，4000-4004是Server的默认端口，根据PID在任务管理器中查看占用端口的进程。如果是被Server启动的两个javaw.exe进程占用则正常，否则可以通过查看进程属性确定是哪个应用程序占用了该端口。
可以通过进入admin目录，修改Server的4000-4004端口为其他空闲的端口。
admin目录： 浏览器输入路径，如：http://您的ip:6080/arcgis/admin/machines/这里是您的机器名/edit
或者把Server manager的路径中 manager 修改为 admin/machines/这里是您的机器名/edit
修改Ports中4000端口为其他空闲端口（一般改成4005或4006就行）， 修改后会自动重启。
参考官方帮助文档：
http://resources.arcgis.com/zh-cn/help/main/10.1/index.html#//015400000590000000
http://resources.arcgis.com/zh-cn/help/main/10.1/index.html#//015400000537000000