在ArcGIS Server 10.1之前版本，跨域问题比较常见，通常要在IIS或server java的web_output目录下添加跨域文件：crossdomain.xml或clientaccesspolicy.xml已经随ArcGIS Server安装自带。在<ArcGIS Server installation location>\ArcGIS\Server\framework\runtime\tomcat\webapps\ROOT文件夹下。当然如果你通过Web Adapter使用自己的Web服务器，需要将对应的跨域文件部署到对应Web Server的根目录，使得访问“[Server IP]:[Port]/跨域文件”可以正常返回结果。
另外注意，默认的跨域文件是允许所有域向服务器提交任意请求，如需修改，请参考：
http://learn.adobe.com/wiki/download/attachments/64389123/CrossDomain_PolicyFile_Specification.pdf?version=1
http://msdn.microsoft.com/EN-US/LIBRARY/CC645032(VS.95).ASPX