原文:數據清洗—【trim_galore】那些事

Trim Galore是對FastQC和cutadapt的包裝。適用於所有高通量測序,包括RRBS Reduced Representation Bisulfite Seq Illumina Nextera和smallRNA測序平台的雙端和單端數據。主要功能包括兩步:第一步首先去除低質量鹼基,然后去除 末端的adapter, 如果沒有指定具體的adapter,程序會自動檢測前 million的序列 ...

2022-02-21 17:03 2 2233 推薦指數:

查看詳情

使用trim_galore軟件遇到的問題

我的原始測序數據是雙端測序,在用trim_galore軟件去接頭的這一步,使用的命令行是 相當然的以為軟件會默認為雙端測序,結果接下來一步用tophat軟件mapping到參考基因組上的時候,發現mapping率只用10%,低的驚人。后來排除建庫失敗的可能,我去查看 ...

Sat Sep 02 18:13:00 CST 2017 0 1824
生信軟件工具-trim_galore

trim_galore 注意:軟件工具一般會定期進行迭代更新,如果使用出現問題,請查看官方文檔。 網址:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 需先安裝fastqc ...

Wed Jun 24 17:45:00 CST 2020 0 1178
爬蟲數據清洗

https://blog.csdn.net/wanght89/article/details/78188591?locationNum=4&fps=1 ...

Thu Mar 14 17:28:00 CST 2019 0 1622
數據清洗的方法

數據挖掘中常用的數據清洗方法有哪些? 原文鏈接:https://www.zhihu.com/question/22077960 從兩個角度看,數據清洗一是為了解決數據質量問題,,二是讓數據更適合做挖掘。不同的目的下分不同的情況,也都有相應的解決方式和方法。 包括缺失值處理、異常 ...

Fri Jul 20 18:02:00 CST 2018 0 4878
07>>>數據清洗

07.數據清洗 數據清洗概念   之前已經講過,數據分析的過程是這樣的。   之前我們學習的一系列python模塊,比如BeautifulSoup、Xpath、selenium等模塊,都是屬於數據清洗的范疇;matplotlib模塊屬於數據可視化模塊。numpy ...

Thu Oct 21 11:46:00 CST 2021 0 107
數據清洗

學習筆記,參考原作者 數據清洗數據分析的第一步, 經常需要花費大量的時間來清洗數據或者轉換格式。 一、數據預處理 1. 部署環境,導入分析包和數據 2. 嘗試去理解這份數據集 我們可以通過對數據集提問來判斷這份數據能不能滿足解答我們的問題,數據是否干凈需不需要進一步處理,問題包括 ...

Sat Aug 10 01:35:00 CST 2019 0 768
數據清洗有哪些方法?

​隨着大數據時代的發展,越來越多的人開始投身於大數據分析行業。當我們進行大數據分析時,我們經常聽到熟悉的行業詞,如數據分析、數據挖掘、數據可視化等。然而,雖然一個行業詞的知名度不如前幾個詞,但它的重要性相當於前幾個詞,即數據清洗。 顧名思義,數據清洗清洗數據,是指在數據 ...

Wed Oct 20 01:53:00 CST 2021 0 1031
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM