不同的方法從gtf中提取相關基因組信息in R
Method One: library(GenomicRanges) library(GenomicFeatures)library(annotatr)makeTxDbFromGFFtxdb &l ...
原文：使用 gffread 提取基因組序列信息
需求：提取 號染色體的 和 區間的 fa 序列 需要准備的test.gff 文件如下所示，第一列是染色體號，第二列和第三列的內容隨意，第四列和第五列是提取的開始位置和終止位置，第六列和第八列內容隨意，第七列是基因組的正負鏈，第九列序列的信息，第九列必須有Parent , ID , gene id 信息，不然序列提取不出來。分隔符為tab： 另外還需要基因組文件GRCh .primary assem ...
2022-01-10 16:03 0 1401 推薦指數：
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