如何極大減少Seurat對象保存時間 Seurat R 包無疑目前大家進行單細胞分析最長用的包之一，Seurat分析時將每一步結果都存在了Seurat 對象的不同slots中，好處是計算的所有信息得以保留，然而同時也會造成文件過大，難以保存和讀取。對於2萬個細胞以下也許不成問題，但當細胞數超過 ...

最新版V3文檔：https://satijalab.org/seurat/vignettes.html 不要再用V2的版本了，V3已經涵蓋了V2所有的功能。 最新版3.0已經發布了，有重大更新，以前的許多API也不支持了。 April 16, 2019 Version 3.0 ...

Seurat是一個老牌的單細胞分析工具了（satija的力作），我之前測試過，但是沒怎么用。 最近發現這個工具又publish在了NBT上，所以很有必要看一下這篇文章。 Integrating single-cell transcriptomic data across ...

前面我們已經學習了單細胞轉錄組分析的：使用Cell Ranger得到表達矩陣和doublet檢測，今天我們開始Seurat標准流程的學習。這一部分的內容，網上有很多帖子，基本上都是把Seurat官網PBMC的例子重復一遍，這回我換一個數據集，細胞類型更多，同時也會加入一些實際分析中很有用的技巧 ...

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在linux中用同一個版本的R 同時安裝 Seurat 2 和 Seurat 3 Seurat 作為單細胞分析中的重量級R包，有多好用用，用過的人都知道。Seurat 分析流程基本涵蓋了單細胞分析中的所有常見分析方法，包括filtering，tSNE，UMAP降維及畫圖等。還有一個重量級功能 ...

安裝Seurat包 安裝Seurat包 install.packages('Seurat', type = "binary") install.packages('Seurat') library('Seurat ...

2022年07月19日 R4.1安裝ggpubr出現了問題，要用conda先裝一個nlopt # conda install -c conda-forge nlopt # conda ...