Analysis 思路: 使用預定義的基因集(通常來自功能注釋或先前實驗的結果),將基因按照在兩類樣本中的差 ...
前言 在生物信息學數據分析中,許多分析軟件都是基於R開發的。這里介紹一個可以在Python 中進行基因富集分析的Python 軟件 GSEAPY Gene Set Enrichment Analysis in Python GSEApy is a python wrapper forGESAandEnrichr. It s used for convenient GO enrichments an ...
2021-12-27 18:21 0 2524 推薦指數:
Analysis 思路: 使用預定義的基因集(通常來自功能注釋或先前實驗的結果),將基因按照在兩類樣本中的差 ...
的(大部分的生信從業人員應該都差不多要沾邊吧)。 普通的轉錄組套路並不多,差異表達基因、富集分析、WGC ...
)和細胞定位(cellular component)三個面對基因功能進行全面定義。 基因本體論,用於蛋 ...
的基因集富集結果。主要是通過將基因在不同樣品間的表達量矩陣轉化成基因集在樣品間的表達量矩陣,從而來評估不 ...
最近總是有需要單獨對某一個類型的通路進行超幾何分布的p值計算,這里記錄一下python包的計算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法進行富集分析的p值計算 hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways ...
image Gene Set Enrichm ...
。 換個思路,如果做富集分析,那就穩了,給定一個指定的區域(promoter或enhancer區域),根 ...
1、安裝bioconductor及go分析涉及的相關包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db ...