原文:[GSEAPY] 在Python里進行基因集富集分析

前言 在生物信息學數據分析中,許多分析軟件都是基於R開發的。這里介紹一個可以在Python 中進行基因富集分析的Python 軟件 GSEAPY Gene Set Enrichment Analysis in Python GSEApy is a python wrapper forGESAandEnrichr. It s used for convenient GO enrichments an ...

2021-12-27 18:21 0 2524 推薦指數:

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GSEA-基因富集分析

Analysis 思路: 使用預定義的基因(通常來自功能注釋或先前實驗的結果),將基因按照在兩類樣本中的差 ...

Thu Aug 30 01:40:00 CST 2018 0 19018
基因或蛋白富集分析,gsea與ssgsea

基因富集結果。主要是通過將基因在不同樣品間的表達量矩陣轉化成基因在樣品間的表達量矩陣,從而來評估不 ...

Sun Jul 05 20:40:00 CST 2020 0 4712
python scipy包進行GO富集分析p值計算

最近總是有需要單獨對某一個類型的通路進行超幾何分布的p值計算,這里記錄一下python包的計算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法進行富集分析的p值計算 hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways ...

Thu Aug 22 19:25:00 CST 2019 0 909
 
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