NCBI的gene id, ENTREZID 與Ensembl Gene ID 互相轉換網站:https: biodbnet abcc.ncifcrf.gov db db db.php 還有另外一個單向 ensemble 轉NCBI的:https: www.biotools.fr human ensembl symbol converter ...
2021-12-24 21:51 0 3702 推薦指數:
gene symbol: TP53 gene ID:7157。Entrez Gene ID,它是目前國際上最權威的Gene ID編號! GENECODE:GENECODE來自Ensembl數據庫。沒有ID。它有gtf文件。 HGNC(人類基因命名委員會)只對人類基因進行命名 ...
如果轉載,請注明出處。 GSEA、David與KEGG、GO數據庫的區別: 1.KEGG數據庫、GO數據庫是知識庫。它們記錄了通路、生物學過程等的信息。 2.GSEA、David是做富集分 ...
1、基因系列中的data索引 2、基因ID之間的轉換 對於生信,依托於別人的工具不如自己動手,由於研究發表的滯后性,往往很多工具提供的轉換並不是最新的,況且開發者水平也參差不齊,理解原理才能讓你來去自如。 今天主要記錄幾個ID轉換的方式: 以果蠅為例 詳細的了解閱讀下面:ftp ...
為了查找某個研究領域的相關信息,生物學家往往要花費大量的時間,更糟糕的是,不同的生物學數據庫可能會使用不同的術語,好比是一些方言一樣,這讓信息查找更加麻煩,尤其是使得機器查找無章可循。Gene Ontology就是為了解決這種問題而發起的一個項目。 Gene Ontology中最基本的概念 ...
【怪毛匠子整理】 一、使用SOFT文件 1. 確定GEO平台,比如GPL25318, 通過NCBI找到這個平台,也可以通過下面的鏈接,把GPL25318 替換成你想要的平台ID。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi ...
Gene Ontology (GO) 注釋 Posted on 2017-06-11 | In 生信 相似的基因在不同物種中,其功能往往保守的。顯然,需要一個統一的術語用於描述這些跨物種的同源基因及其基因產物的功能,否則,不同的實驗室對相同的基因的功能的描述不同,將極大限制學術 ...
研究人員針對 PTEN 這個關鍵的抑癌基因,來探究調控該基因表達的ceRNA 網絡; 分析策略: 1)預測能調控該基因的miRNAs 通過miRanda 軟件預測和實驗驗證相結合的方式,挑選 ...