http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/tcgaBiolinks.html#gdcquery:_searching_tcga_open-access_data 舉例 ...
TCGA 數據下載分析利器 TCGAbiolinks 二 臨床數據下載 名本無名 人贊同了該文章 獲取臨床信息 TCGAbiolinks還提供了一些用於查詢 下載和解析臨床數據的函數,GDC數據庫中的包含多種不同的臨床信息,主要包括: indexed clinical: 使用XML文件創建的精煉臨床數據 XML: 原始臨床數據 BCR Biotab: 解析XML文件之后的tsv文件 indexe ...
2021-11-23 11:38 0 1234 推薦指數:
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本文首發於”生信補給站“,https://mp.weixin.qq.com/s/yhMgkST-rVD6SaQS7R-eoA 桑基圖(Sankey diagram),是一種特定類型的流程圖,圖中延伸的分支的寬度對應數據流量的大小,通常應用於能源、材料成分、金融等數據的可視化分析 ...
TCGA數據庫 是 生物信息分析經常需要用到的數據庫,今天學習了一下怎么在其官網上下載數據集 以下以下載腎上腺皮質癌患者的miRNA表達數據為例,來講解具體的過程 第一步,打開TCGA網址:https://portal.gdc.cancer.gov 第二步,點擊導航欄最右 ...
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####teach code####library(survival)#read expression data and modify its class and colnames/rownames #PAAD_gene_expression.csv數據已經經過Z_轉換的數據。 z_rna ...
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問題: 什么是免疫細胞浸潤? 腫瘤組織里都有哪些細胞?有哪些免疫細胞? 免疫細胞浸潤分析的基本原理?相關性 bulk RNA-seq拆分scRNA-seq的原理 免疫浸潤評估常用的工具 什么是免疫浸潤細胞? 腫瘤浸潤淋巴細胞(英語 ...
中國大牛力作 張澤民: http://gepia.cancer-pku.cn/index.html http://cancer-pku.cn/ ...