原文:TCGA 數據下載分析利器 —— TCGAbiolinks(二)臨床數據下載

TCGA 數據下載分析利器 TCGAbiolinks 二 臨床數據下載 名本無名 人贊同了該文章 獲取臨床信息 TCGAbiolinks還提供了一些用於查詢 下載和解析臨床數據的函數,GDC數據庫中的包含多種不同的臨床信息,主要包括: indexed clinical: 使用XML文件創建的精煉臨床數據 XML: 原始臨床數據 BCR Biotab: 解析XML文件之后的tsv文件 indexe ...

2021-11-23 11:38 0 1234 推薦指數:

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TCGA下載神器--TCGAbiolinks

http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/tcgaBiolinks.html#gdcquery:_searching_tcga_open-access_data 舉例 ...

Sat Dec 16 01:16:00 CST 2017 0 981
ggalluvial|TCGA臨床數據繪制桑基圖(Sankey)

本文首發於”生信補給站“,https://mp.weixin.qq.com/s/yhMgkST-rVD6SaQS7R-eoA 桑基圖(Sankey diagram),是一種特定類型的流程圖,圖中延伸的分支的寬度對應數據流量的大小,通常應用於能源、材料成分、金融等數據的可視化分析 ...

Wed Sep 11 07:25:00 CST 2019 0 1496
TCGA數據庫官網下載數據

TCGA數據庫 是 生物信息分析經常需要用到的數據庫,今天學習了一下怎么在其官網上下載數據集 以下以下載腎上腺皮質癌患者的miRNA表達數據為例,來講解具體的過程 第一步,打開TCGA網址:https://portal.gdc.cancer.gov 第二步,點擊導航欄最右 ...

Tue Mar 16 23:52:00 CST 2021 0 281
利用tcga數據做生存分析

####teach code####library(survival)#read expression data and modify its class and colnames/rownames #PAAD_gene_expression.csv數據已經經過Z_轉換的數據。 z_rna ...

Thu Jan 12 18:30:00 CST 2017 1 5606
TCGA簡易下載工具 SangerBox

下載地址:http://sangerbox.com/ https://shengxin.ren/article/208 Understanding TCGA mRNA Level3 analysis results files from FireBrowse ...

Tue Jul 30 06:52:00 CST 2019 0 1150
TCGA數據挖掘 | 免疫細胞浸潤分析

問題: 什么是免疫細胞浸潤? 腫瘤組織里都有哪些細胞?有哪些免疫細胞? 免疫細胞浸潤分析的基本原理?相關性 bulk RNA-seq拆分scRNA-seq的原理 免疫浸潤評估常用的工具 什么是免疫浸潤細胞? 腫瘤浸潤淋巴細胞(英語 ...

Tue Feb 08 02:42:00 CST 2022 0 2987
 
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