使用RSEM進行轉錄組測序的差異表達分析
仍然是兩年前的筆記 1. prepare-reference 如果用RSEM對比對后的bam進行轉錄本定量，則在比對過程中要確保比對用到的索引是由rsem-prepare-reference產生的。 可以看到，單純用bowtie2建的索引和rsem調用bowtie2建的索引 ...
原文：rsem對轉錄本進行定量
最近在研究轉錄本，現在在下載數據，想起來自己有一個博客，就暫且來這里更新一下內容。 要想對轉錄本進行定量，首先需要下載它的轉錄組數據，將別人上傳的SRR文件的名字整理在wheat.txt中，引用 下載后通過sratoolkits將sra數據轉化成fq格式 split 將sra數據的雙端拆分成兩個文件,原來單端並不會保存成兩個文件。gzip將其壓縮 O為輸出文件夾 剛才用了一些fasterq dum ...
2021-11-14 20:48 0 808 推薦指數：
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轉載於：https://www.ivistang.com/articles/312 准備軟件和數據 安裝miniconda wget -c https://repo.ana ...
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FPKM，RPKM，TPM和RSEM
詳細見孟叔的文章。 ...
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gene structure transcription 1.DNA上有轉錄啟動位點和終止位點，RNA聚合酶結合到上面，得到RNA（primary transcript） 2.RNA被切掉內含子，加上5帽子和3尾巴，得到成熟mRNA（RNA-seq研究對象） 3.mRNA到核外，翻譯成蛋白 ...
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本文為作者原創，可以自由拷貝，轉載。但轉載請保持文檔的完整性，注明原作者及原鏈接，嚴禁用於任何商業用途。作者：youThinker博客：www.cnblogs.com/youthinker====== ...