基因或蛋白富集分析，gsea與ssgsea
大家應該對通路富集分析都很熟悉，如DAVID、超幾何富集分析等。都是在大量文章中常見的通路富集方法，給大家介紹一個更加復雜的通路富集分析的前期數據處理包GSVA（gene set variation analysis）與gsea選擇。GSVA是一種非參數的無監督分析方法，主要用來評估芯片核轉錄組 ...
原文：《GSEA富集分析 - 界面操作》
生信寶典之前總結了一篇關於GSEA富集分析的推文 GSEA富集分析 界面操作 ，介紹了GSEA的定義 GSEA原理 GSEA分析 Leading edge分析等，不太了解的朋友可以點擊閱讀先理解下概念 下面摘錄一部分 。 GSEA案例解析介紹GSEA分析之前，我們先看一篇Cell文章 https: sci hub.tw . j.cell. . . 的一個插圖。 以下是文章原文對圖的注解：GSEA ...
2021-09-16 22:38 0 168 推薦指數：
相關推薦
GSEABase | clusterProfiler | GSEA富集分析 | MSigDB
2023年09月01日 log2FC <- log2(rowMeans(TPM[,high.samples])+1) - log2(rowMeans(TPM[,low.sample ...
GSEA-基因集富集分析
1.為什么寫？ 網上教程一抓一大把，有的能重復，有的不能重復不了，很多原因。別人能做的不代表你能復制，實踐出真知。 不做搬運工，只寫有用的，防止以后忘記。每個人理解不同，記錄下來，供自己今后參考，順便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...
基因探針富集分析（GSEA）& GO & pathway
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱，是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目，從分 ...
利用GSEA對基因表達數據做富集分析
image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method ...
GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理與應用
R批量做GSEA分析還沒有官方的包，但是clusterprofiler可以做，它調用了最新的gfsea包。Gene Set Testing for RNA-seq - fgsea教程 RNA-seq是利器，大部分做實驗的老板手下都有大量轉錄組數據，所以RNA-seq的分析需求應該是很大 ...
功能富集分析概述
基因功能的富集分析已成為高通量組學數據分析的常規手段，對於揭示生物醫學分子機制具有重要意義。關於GO、KEGG、GSEA等等這些詞，網上也有很多教程，教大家怎么做GO分析、怎么做GSEA分析等等。但我們不僅要知其然，還要知其所以然。這里，我找到兩篇富集分析的綜述，跟大家一起學習一下 ...
GO富集分析
GO的主要用途之一是對基因組進行富集分析。例如，給定一組在特定條件下上調的基因，富集分析將使用該基因組的注釋發現哪些GO術語被過度表示（或未充分表示）。 富集分析工具 用戶可以直接從GOC網站的主頁進行濃縮分析。此服務連接到PANTHER分類系統 ...