原文:使用CNVnator分析動植物群體拷貝數變異CNV

目錄 .安裝 .測試 .動植物群體檢測CNV 知名的拷貝數變異分析工具幾乎都是為人類變異檢測開發,對於動植物重測序分析有些尷尬。不過好在植物群體研究不必那么精細,用同樣的工具也可做分析。 地址:https: github.com abyzovlab CNVnator .安裝 建議直接用conda。 查看幫助: .測試 首先准備好數據,再利用一個小數據集,比如這里用一條染色體來測試一下流程。 准備 ...

2021-07-25 11:41 0 277 推薦指數:

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DNA拷貝數變異CNV檢測——基礎概念篇

一、CNV 簡介 拷貝數異常(copy number variations, CNVs)是屬於基因組結構變異(structural variation),根據大小可分為兩個層次:顯 微水平(microscopic)和亞顯微水平(submicroscopic)。顯微水平 ...

Thu Jan 25 02:20:00 CST 2018 0 3627
DNA拷貝數變異CNV檢測——基礎概念篇

DNA拷貝數變異CNV檢測——基礎概念篇 一、CNV 簡介 拷貝數異常(copy number variations, CNVs)是屬於基因組結構變異(structural variation),根據大小可分為兩個層次:顯 微水平 ...

Tue Oct 16 17:59:00 CST 2018 0 7389
變異檢測】CNV分析和應用

前言 拷貝數變異(copy number variation ,CNV)是指基因組上某些大片段的拷貝數增加或減少,可分為缺失(deletion)和重復(duplication)兩種類型。CNV是一種基因組結構變異,可通過改變基因劑量和轉錄結構 ...

Tue Apr 19 19:10:00 CST 2022 0 3263
變異檢測】CNV PAV INV TRANS變異檢測

前言 SV(大片段結構變異)指在基因組水平上大片段的insertion,deletion,inversion,translocation,duplication等變異。   SV檢測分重測序部分和基因組部分,重測序又分二代測序數據和三代測序數據之分。每種分析方法用到 ...

Tue Apr 19 01:22:00 CST 2022 0 5162
動植物基因組組裝要點小結

目錄 組裝策略 輔助技術 PacBio補充 流程 主要分析內容 組裝 評估 注釋 比較基因組 組裝策略 二代測序平台如Illumina、BGI,穩定可靠,數據質量高,成本低,讀長短。 三代測序平台 ...

Wed Jan 13 19:55:00 CST 2021 0 449
 
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