SAMTOOLS使用 SAM BAM文件處理
【怪毛匠子 整理】 samtools學習及使用范例,以及官方文檔詳解 #第一步：把sam文件轉換成bam文件,我們得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步：sort 一下 BAM ...
原文：使用Python處理BAM的方法
在上一篇的文章里我詳細介紹了BAM SAM CRAM 的格式和一些需要注意的細節，還說了該如何使用samtools在命令行中對其進行操作。但是很多時候這些操作是不能滿足我們的實際需要的，比如統計比對率 計算在某個比對質量值之上的read有多少，或者計算PE比對的插入片段長度分布，甚至需要你根據實際情況編寫一個新的變異檢測算法等。這個時候往往難以直接通過samtools來實現 注 ，而是需要編寫專門 ...
2021-06-17 16:48 0 218 推薦指數：
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