《GSEA富集分析 - 界面操作》
生信寶典之前總結了一篇關於GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》，介紹了GSEA的定義、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，不太了解的朋友可以點擊閱讀先理解下概念 （下面摘錄一部分）。 GSEA案例解析介紹GSEA分析之前，我們先看一篇Cell文章 ...
原文：GSEABase | clusterProfiler | GSEA富集分析 | MSigDB
年 月 日 log FC lt log rowMeans TPM ,high.samples log rowMeans TPM ,low.samples geneList lt log FC geneList lt sort geneList, decreasing T egmt lt clusterProfiler::GSEA geneList geneList , TERM GENE gen ...
2021-05-11 12:32 0 2494 推薦指數：
相關推薦
使用clusterProfiler進行GO富集分析
使用clusterProfiler進行GO富集分析原創weixin_43569478 最后發布於2018-11-05 10:06:43 閱讀數 12741 收藏展開歡迎關注微信公眾號《生信修煉手冊》! clusterProfiler是一個功能強大的R包，同時支持GO和KEGG的富集分析 ...
基因或蛋白富集分析，gsea與ssgsea
大家應該對通路富集分析都很熟悉，如DAVID、超幾何富集分析等。都是在大量文章中常見的通路富集方法，給大家介紹一個更加復雜的通路富集分析的前期數據處理包GSVA（gene set variation analysis）與gsea選擇。GSVA是一種非參數的無監督分析方法，主要用來評估芯片核轉錄組 ...
GSEA-基因集富集分析
1.為什么寫？ 網上教程一抓一大把，有的能重復，有的不能重復不了，很多原因。別人能做的不代表你能復制，實踐出真知。 不做搬運工，只寫有用的，防止以后忘記。每個人理解不同，記錄下來，供自己今后參考，順便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...
基因探針富集分析（GSEA）& GO & pathway
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱，是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目，從分 ...
【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小結
前言 關於clusterProfiler這個R包就不介紹了，網紅教授宣傳得很成功，功能也比較強大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可視化。簡單總結下用法，以后用時可直接找來用。 首先考慮一個問題：clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注釋信息來自哪里？ GO的注釋信息 ...
利用GSEA對基因表達數據做富集分析
image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method ...
GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理與應用
R批量做GSEA分析還沒有官方的包，但是clusterprofiler可以做，它調用了最新的gfsea包。Gene Set Testing for RNA-seq - fgsea教程 RNA-seq是利器，大部分做實驗的老板手下都有大量轉錄組數據，所以RNA-seq的分析需求應該是很大 ...