HOMER | MEME | 轉錄因子的靶基因預測 | motif富集分析
轉錄因子motif是一些很短的模序（~10bp），在大基因組里很容易出現隨機比對，而且是以position weight matrix (PWM)格式來呈現，說明它的可變性，因此研究motif有哪些binding區域是沒有意義的，因為很難找到一個方法（閾值）來判斷真正的比對和隨機的比對 ...
原文：Cistrome數據庫挖掘轉錄因子靶基因 | TF | target
進入http: cistrome.org db 數據庫 輸入你感興趣的轉錄因子，比如HDAC 選擇物種，以及你感興趣的cell type 點擊可以查詢 check a putative target 也可以下載全部的 Putative Target 最后個性化繪圖 總結： 適合輔助分析，提供額外的fancy的證據，還是有一定的power的。 繪圖代碼： library ggplot library ...
2021-03-31 20:26 0 260 推薦指數：
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