單細胞分析實錄(4): doublet檢測
最近Cell Systems雜志發表了一篇針對現有幾種檢測單細胞測序doublet的工具的評估文章，系統比較了常見的例如Scrublet、DoubletFinder等工具在檢測准確性、計算效率等方面的優劣，以及比較了使用不同方法去除doublet后對下游DE分析、軌跡分析的影響。 現有的檢測 ...
原文：單細胞分析實錄(10): 消除細胞周期的影響
如果讀過一些單細胞的文獻，應該會經常看到一群名為 cycling cell 的亞群，T細胞 B細胞 上皮細胞等等在分亞群的時候，都可能碰到。實際上，這群細胞只是因為高表達一些與細胞周期相關的基因，才會被單獨聚成一群，里面可能包含多種細胞亞群的混合，只要它們處於細胞周期 增殖狀態。 當這群細胞占比很少時，可以不做處理 占比較大，或者處於不同細胞周期時間點 G , S, G , M 的細胞相互分開， ...
2021-03-16 18:30 0 418 推薦指數：
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單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing
這是一個新系列 差不多是一年以前，我定導后沒多久，接手了讀研后的第一個課題。合作方是醫院，和我對接的是一名博一的醫學生，最開始兩邊的老師很排斥常規的單細胞文章思路，即各大類細胞分群、注釋、描述，所以起初的幾個月都在摸索一條主線，再后來有主線了，要加實驗驗證，周期有點長。我這邊的分析基本做完 ...
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