前篇：EZH2 | Ezh2 | 組蛋白甲基化酶/組蛋白甲基轉移酶 | 關鍵調控因子 類似Ezh2，都是比較火爆的核心調控因子，與多種疾病和通路有關，可以搜到很多文章都圍繞它來講故事。 目的：鑒定出HDAC1激活和抑制的靶基因。 老套路： HDAC1上調，則其激活 ...

以Ezh2為例，徹底搞明白一個調控因子regulator的調控原理。 這個是一個非常典型的調控因子，廣泛涉及了epigenome, regulatome and transcriptome，這里還會加入miRNA，一旦把這個搞清楚了將會受益無窮。 Polycomb-group ...

前言 做RNA-seq基因表達數據分析挖掘，我們感興趣的其實是“基因互作”，哪些基因影響了我們這個基因G，我們的基因G又會去影響哪些基因，從而得到基因調控的機制。 直覺確實是很明確的，但是細節處卻有很多問題。 我們討論的到底是基因表達的互作，還是基因產物的互作 ...

出第二信使學說； 1994，發現G蛋白及其在細胞信號轉導中的調控作用； 1992，發現蛋白質磷酸化與 ...

蛋白截斷變異（protein-truncating variant，PTV）通過引入終止密碼子，移碼突變或剪接位點，破壞蛋白編碼基因[1]。蛋白截斷變異的研究對於人類進化（human evolution），基因功能（gene function），疾病相關變異（disease-related ...

igraph語法簡單，畫圖快速。 Cytoscape專業，個性定制。 最終效果圖： 當然也可以用Cytoscape來畫。 參考：Network visualiza ...

類似篇：轉錄因子motif TSS區域富集分析 | motif enrichment | HOMER | FIMO | MEME 一個新的領域，現在我關注的是可變剪切調控因子，如PTBP1，它們有特定的RNA結合motif，類似TF。 相同點： 都是蛋白質的序列結合區域 ...

功能內聚：完成一個單一功能，各個部分協同工作，缺一不可。 順序內聚：處理元素相關，而且必須順序執行。 通信內聚：所有處理元素集中在一個數據結構的區域上。 過程內聚：處理元素相關，而且必須按特定的次序執行。 瞬時內聚：所包含的任務必須在同一時間間隔內執行（如初始化模塊）。 邏輯 ...