群體結構分析
群體結構圖形——structure堆疊圖 2016/05/17 分享到： 之前基迪奧已經為大家介紹過群體結構兩種圖形——PCA圖和系統發生樹，今天我們來介紹最后一種圖形——structure堆疊圖 ...
原文：admixture 群體結構分析
tructure是與PCA 進化樹相似的方法，就是利用分子標記的基因型信息對一組樣本進行分類，分子標記可以是SNP indel SSR。相比於PCA，進化樹，群體結構分析可明確各個群之間是否存在交流及交流程度 軟件安裝 簡單使用 第一步：將VCF變為plink格式 color red plink轉化，map文件，SNP那列為點,vcftools 則不是，但是ref為 因為plink本身是針對人類 ...
2021-01-30 14:55 0 870 推薦指數：
相關推薦
PCA方法校正群體結構（群體分層），GWAS該用多少個主成分？
該選擇多少個主成分 群體結構（population structure），或者說群體分層（population stratification），是由於個體之間非隨機交配而導致的群體中亞群之間等位基因頻率的系統差異。這種系統差異，是全基因組關聯研究（GWAS）中影響非常大的混淆變量，可以造成非常大 ...
重測序（RADseq）做群體遺傳分析套路
實驗材料 構建的群體，或自然群體，如各地方品種。 RAD文庫構建 提取DNA后，構建文庫，簡要步驟如下： ① 限制性內切酶TaqＩ酶切； ② 連接P1接頭； ③ DNA隨機打斷片斷化； ④ 目的片段回收與末端修復； ⑤ 連接P2接頭； ⑥ RAD片段富集； ⑦ 上機測序。 參考：Rapid ...
群體結構圖形三劍客——PCA圖
重測序便宜了，群體的測序和分析也多了起來。群體結構分析，是重測序最常見的分析內容。群體結構分析應用十分廣泛，首先其本身是群體進化關系分析里面最基礎的分析內容，其次在進行GWAS分析的時候，本身也需要使用PCA或structure分析的結果作為協變量，來校正群體結構對關聯分析帶來的假陽性 ...
使用CNVnator分析動植物群體拷貝數變異CNV
目錄 1.安裝 2.測試 3.動植物群體檢測CNV 知名的拷貝數變異分析工具幾乎都是為人類變異檢測開發，對於動植物重測序分析有些尷尬。不過好在植物群體研究不必那么精細，用同樣的工具也可做分析。 地址：https://github.com ...
使用ADMIXTURE估計個體的祖先成分
ADMIXTURE 是常用的群體遺傳學分析工具，可以估計個體的祖先成分。與 STRUCTURE 相比，它的速度更快。 下面介紹一下它的使用。STRUCTURE 可以輸入 Plink 或者 EIGENSTRAT 格式的數據，這里以 plink 格式的文件為例。 篩選SNP SNP 數量太多 ...
淺談個人與群體之間的關系
個人與群體的關系到底是什么，如果讓經驗尚淺的我來談，我認為既是個體組成了群體，又是群體塑造了個體，但對於群體乃至社會來說，單獨的個人命運似乎是微不足道的，但對於實實在在生活的個體來說，個人生活確實是他的全部，看玩勒龐的烏合之眾，雖然沒有精讀，但最大的感受是個人不能被群體的無意識所裹挾，群體 ...
群體遺傳參數
1 Theta (\( \theta \)) 群體遺傳學中，在中性 Wright-Fisher 模型 (neutral Wright-Fisher model) 下，尺度參數為 \[\theta = 4N\mu\] 為每世代平均突變數的兩倍。其中，\(N\) 為有效群體大小 ...