原文:【轉錄組】使用hisat2+stringtie組合進行轉錄組定量分析

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HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄數據

HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄數據 本文總閱讀量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄數據思路如下: 數據質控 將RNA-seq的測序reads使用hisat2比對 samtools ...

Sat Nov 10 05:46:00 CST 2018 0 1422
使用RSEM進行轉錄測序的差異表達分析

仍然是兩年前的筆記 1. prepare-reference 如果用RSEM對比對后的bam進行轉錄定量,則在比對過程中要確保比對用到的索引是由rsem-prepare-reference產生的。 可以看到,單純用bowtie2建的索引和rsem調用bowtie2建的索引 ...

Mon Feb 22 00:49:00 CST 2021 0 983
rsem對轉錄進行定量

最近在研究轉錄本,現在在下載數據,想起來自己有一個博客,就暫且來這里更新一下內容。 要想對轉錄進行定量,首先需要下載它的轉錄數據,將別人上傳的SRR文件的名字整理在wheat.txt中,引用 下載后通過sratoolkits將sra數據轉化成fq格式 --split-3將sra ...

Mon Nov 15 04:48:00 CST 2021 0 808
轉錄數據分析思路

轉錄緊緊圍繞基因表達量和功能分析兩部分,結合生物學問題來進行數據分析。 高表達基因已經研究比較透徹,應該更多關注中低表達基因。 層次聚類的妙用: -- 全部基因——>(差異分析)——>根據趨勢挑選部分特異性基因——>功能分析; -- 功能大類聚類——> ...

Sun Jul 19 19:45:00 CST 2020 0 2013
轉錄入門】7:差異基因分析

作業要求: 使用R語言,載入表達矩陣,然后設置好分組信息,統一用DEseq2進行差異分析,當然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任務是得到差異分析結果,進階任務是比較多個差異分析結果的異同點。 【1】安裝DESeq2 DESeq2對於輸入數據 ...

Wed Jul 04 05:47:00 CST 2018 0 5049
轉錄差異表達分析小實戰(二)

轉錄差異表達分析小實戰(二) Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差異基因表達分析 我按照前面的流程轉錄差異表達分析小實戰(一),將小鼠的4個樣本又重新跑了一遍,從而獲得一個新 ...

Sat Nov 10 05:35:00 CST 2018 0 2917
單細胞轉錄CNV分析

什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of ...

Fri May 07 22:49:00 CST 2021 0 210
 
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