HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄組數據 本文總閱讀量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄組數據思路如下: 數據質控 將RNA-seq的測序reads使用hisat2比對 samtools ...
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2021-01-07 15:38 1 396 推薦指數:
HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄組數據 本文總閱讀量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄組數據思路如下: 數據質控 將RNA-seq的測序reads使用hisat2比對 samtools ...
轉錄組分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 轉載▼ 標簽: 生物信息學 轉錄組 1.Hisat2建立 ...
仍然是兩年前的筆記 1. prepare-reference 如果用RSEM對比對后的bam進行轉錄本定量,則在比對過程中要確保比對用到的索引是由rsem-prepare-reference產生的。 可以看到,單純用bowtie2建的索引和rsem調用bowtie2建的索引 ...
最近在研究轉錄本,現在在下載數據,想起來自己有一個博客,就暫且來這里更新一下內容。 要想對轉錄本進行定量,首先需要下載它的轉錄組數據,將別人上傳的SRR文件的名字整理在wheat.txt中,引用 下載后通過sratoolkits將sra數據轉化成fq格式 --split-3將sra ...
轉錄組緊緊圍繞基因表達量和功能分析兩部分,結合生物學問題來進行數據分析。 高表達基因已經研究比較透徹,應該更多關注中低表達基因。 層次聚類的妙用: -- 全部基因——>(差異分析)——>根據趨勢挑選部分特異性基因——>功能分析; -- 功能大類聚類——> ...
作業要求: 使用R語言,載入表達矩陣,然后設置好分組信息,統一用DEseq2進行差異分析,當然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任務是得到差異分析結果,進階任務是比較多個差異分析結果的異同點。 【1】安裝DESeq2 DESeq2對於輸入數據 ...
轉錄組差異表達分析小實戰(二) Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差異基因表達分析 我按照前面的流程轉錄組差異表達分析小實戰(一),將小鼠的4個樣本又重新跑了一遍,從而獲得一個新 ...
什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of ...