單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing
這是一個新系列 差不多是一年以前，我定導后沒多久，接手了讀研后的第一個課題。合作方是醫院，和我對接的是一名博一的醫學生，最開始兩邊的老師很排斥常規的單細胞文章思路，即各大類細胞分群、注釋、描述，所以起初的幾個月都在摸索一條主線，再后來有主線了，要加實驗驗證，周期有點長。我這邊的分析基本做完 ...
原文：單細胞分析實錄(2): 使用Cell Ranger得到表達矩陣
Cell Ranger是一個 傻瓜 軟件，你只需提供原始的fastq文件，它就會返回feature barcode表達矩陣。為啥不說是gene cell，舉個例子，cell hashing數據得到的矩陣還有tag行，而列也不能肯定就是一個cell，可能考慮到這個才不叫gene cell矩陣吧 它是 xgenomics提供的官方比對定量軟件，有四個子命令，我只用過cellranger count，另 ...
2020-12-28 14:12 0 1091 推薦指數：
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