ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大學William J. Greenleaf和Howard Y. Chang實驗室開發的用於研究染色質可及性 ...
DiffBind是基於peak的差異分析包,peaks由其他peak caller軟件生成,如MACS HOMER.一個peak可能表示一個染色質開放區域 蛋白質結合位點等。call出來的peak是包含它的染色體 開始和結束位置信息的,然后可以通過bam文件根絕位置信息獲取在peak上的read數量。進一步通過DESeq 或edgeR進行核心的差異分析。 官方文檔:http: bioconduct ...
2020-10-28 21:22 0 2056 推薦指數:
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大學William J. Greenleaf和Howard Y. Chang實驗室開發的用於研究染色質可及性 ...
補充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,雖然可以完成任務,但是數據量一多,批次多起來,就非常難管理。 既然別人提供了這么好的流程,那就要用起來,管理起來不是一般的輕松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安裝比較麻煩,沒有針對local的一鍵安裝 ...
本文的分析套路劍指10-20分的journal,全是干貨。 發現一個不錯的專題,講得很詳細。 ATAC-seq/ChIP-seq分析方法 其中一個細節IDR,講得很通俗。 第6篇:重復樣本的處理——IDR ATAC-seq data analysis: from ...
表觀遺傳 表觀遺傳的3個機制:DNA甲基化;組蛋白修飾;chromatin remodeling 開放染色質測序: 參考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/ ...
: 1. RNA-seq分析差異基因,間接推測調控的轉錄因子。 2. 基於大量的ChIP-seq公共數 ...
functional genomics | epigenomic annotations 剛入行的總是一頭霧水,對這些表觀的標記一點興趣都沒有,種類繁多,總是記不住,這里我就做一個常識性的總結,不搞 ...
參考:生信技能樹 ChIP-Seq綜述 一些簡單的copy,純屬個人筆記。 ChIP-seq的原理 用於在全基因組范圍中研究DNA結合蛋白(相互反應)、組蛋白修飾(表觀遺傳標記)和核小體的技術,研究這三個主題可有助於了解基因之間的相互調控以及染色體的功能結構。 在生理狀態下 ...
仍然是兩年前的筆記 1. prepare-reference 如果用RSEM對比對后的bam進行轉錄本定量,則在比對過程中要確保比對用到的索引是由rsem-prepare-reference產生的。 可以看到,單純用bowtie2建的索引和rsem調用bowtie2建的索引 ...