筆記 Demo ...
最近需要繪制基因調控網絡,選擇了python語言中比較popular的networkx包,先上目前結果圖: 節點是基因或者其他實體,邊代表調控關系,黑色的邊代表抑制,紅色的邊代表激活,紅色的節點代表自我激活,黑色的節點代表自我抑制。 繪制的關鍵點:邊可以有不同的顏色,指向符號可以修改,可以繪制出自循環的邊 self loop 本來抑制的邊用截止符號 更好,但是發現有時候看不清是來自哪條邊的,所以就 ...
2020-07-28 09:39 0 566 推薦指數:
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1.簡單使用 2. 3.網絡分析與計算 http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=404069&do=blog&classid=141080&view=me&from ...
使用Python中NetworkX包繪制深度神經網絡結構圖 程序效果展示:2019-07-14 17:24:20 利用opencv模塊對DNN框架添加文字 ...
GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基於樹的集成學習算法,來通過基因表達數據來推斷基因調控網絡。 小知識點: GENIE3末尾的3並不是指GENIE的第三版本,而是因為通過法語口音來發音的話 ...
本文為入門級的基因調控網絡文章,主要介紹一些基本概念及常見的GRN模型。 概念:基因調控網絡 (Gene Regulatory Network, GRN),簡稱調控網絡,指細胞內或一個基因組內基因和基因之間的相互作用關系形成的網絡,特指基因調控 (gene regulation) 導致基因 ...
1、用matplotlib繪制網絡圖 基本流程: 1. 導入networkx,matplotlib包 2. 建立網絡 3. 繪制網絡 nx.draw() 4. 建立布局 pos = nx.spring_layout美化作用 最基本畫圖程序 2、networkx 提供 ...
networkx是Python的一個包,用於構建和操作復雜的圖結構,提供分析圖的算法。圖是由頂點、邊和可選的屬性構成的數據結構,頂點表示數據,邊是由兩個頂點唯一確定的,表示兩個頂點之間的關系。頂點和邊也可以擁有更多的屬性,以存儲更多的信息。 對於networkx創建的無向圖,允許一條邊的兩個頂點 ...
networkX tutorial 繪制基本網絡圖 用matplotlib繪制網絡圖 基本流程: 1. 導入networkx,matplotlib包 2. 建立網絡 3. 繪制網絡 nx.draw() 4. 建立布局 pos = nx.spring_layout美化作用 最基本畫圖程序 ...