原文:用python包networkx繪制基因調控網絡

最近需要繪制基因調控網絡,選擇了python語言中比較popular的networkx包,先上目前結果圖: 節點是基因或者其他實體,邊代表調控關系,黑色的邊代表抑制,紅色的邊代表激活,紅色的節點代表自我激活,黑色的節點代表自我抑制。 繪制的關鍵點:邊可以有不同的顏色,指向符號可以修改,可以繪制出自循環的邊 self loop 本來抑制的邊用截止符號 更好,但是發現有時候看不清是來自哪條邊的,所以就 ...

2020-07-28 09:39 0 566 推薦指數:

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python networkx繪制網絡

1.簡單使用 2. 3.網絡分析與計算 http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=404069&do=blog&classid=141080&view=me&from ...

Wed Jul 12 18:52:00 CST 2017 0 1368
淺析GENIE3基因調控網絡推斷

GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基於樹的集成學習算法,來通過基因表達數據來推斷基因調控網絡。 小知識點: GENIE3末尾的3並不是指GENIE的第三版本,而是因為通過法語口音來發音的話 ...

Wed Mar 31 04:33:00 CST 2021 0 481
基因調控網絡 (Gene Regulatory Network) 01

本文為入門級的基因調控網絡文章,主要介紹一些基本概念及常見的GRN模型。 概念:基因調控網絡 (Gene Regulatory Network, GRN),簡稱調控網絡,指細胞內或一個基因組內基因基因之間的相互作用關系形成的網絡,特指基因調控 (gene regulation) 導致基因 ...

Sun Feb 16 05:46:00 CST 2020 0 5387
python-plot and networkx繪制網絡關系圖

1、用matplotlib繪制網絡圖   基本流程:  1. 導入networkx,matplotlib  2. 建立網絡  3. 繪制網絡 nx.draw()  4. 建立布局 pos = nx.spring_layout美化作用 最基本畫圖程序 2、networkx 提供 ...

Mon May 06 06:24:00 CST 2019 0 2449
Python - networkx

networkxPython的一個,用於構建和操作復雜的圖結構,提供分析圖的算法。圖是由頂點、邊和可選的屬性構成的數據結構,頂點表示數據,邊是由兩個頂點唯一確定的,表示兩個頂點之間的關系。頂點和邊也可以擁有更多的屬性,以存儲更多的信息。 對於networkx創建的無向圖,允許一條邊的兩個頂點 ...

Mon Apr 15 18:37:00 CST 2019 0 9103
python網絡畫圖——networkX

networkX tutorial 繪制基本網絡圖 用matplotlib繪制網絡圖 基本流程: 1. 導入networkx,matplotlib 2. 建立網絡 3. 繪制網絡 nx.draw() 4. 建立布局 pos = nx.spring_layout美化作用 最基本畫圖程序 ...

Sun Jul 17 06:53:00 CST 2016 0 9730
 
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