使用 FUMA 鑒定 Independent SNPs 和 Lead SNPs
一、Independent significant SNPs 和 Lead SNPs 定義 Independent significant SNPs： P 值小於 5e-8 的 SNP 位點，且 SNP 位點之間的 r2<0.6（注意，這里的 r2 指的是 LD 的 r2 值，不是相關性 ...
原文：名詞解釋 | Lead SNPs | credible SNPs | Polygenicity | Discoverability
GWAS catalog里面的snp可以稱作reported SNP lead SNPs 就是曼哈頓圖里每根柱子最頂上的那個SNP 考慮LD的話，就是從每個loci 里面，選出P最小的點 Lead SNPs做了fine mapping后就得到了causal SNPs，即credible SNPs。 Lead SNPs that is, defined by LD and P values are ...
2020-07-22 03:23 0 699 推薦指數：
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