原文:蛋白質組學數據的歸一化/標准化處理

目錄 .前言 .主要方法及代碼實現 .標准化方法評估 .MaxQuant中的Intensity,LFQ和iBAQ .資源列表 .前言 目的: 調整由於技術,如處理 上樣 預分 儀器等造成的樣本間誤差。這實際上是一種數據縮放的方法。一般在一個表達矩陣中,會涉及到多個樣本,其表達量差異比較大,不能直接進行比較。比如某個樣本表達量很大,在總體中就會占據絕對領導地位,這樣就會掩蓋掉表達量小的樣本的作用, ...

2020-07-17 23:41 0 6021 推薦指數:

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蛋白質數據的缺失值填充

缺失值填充在數據分析領域的預處理過程繞不過去的一個坎,蛋白質也不例外,簡單記錄下,可能有些地方有其特殊之處。 分析缺失值來源:完全隨機缺失(MCAR,如質譜儀抖動,對數據影響無偏好性,均一分布),隨機缺失(MAR,依賴於其他觀測變量,如時間梯度越長采集越可能出現缺失值),非隨機缺失 ...

Sun Jul 19 06:17:00 CST 2020 0 1347
蛋白質數據分析——(1)原理

當前,關於高通量蛋白質的研究遠不如NGS這般火熱,網上關於這方面的知識也寥寥無幾,從事這一行也有一段時間了,但還沒好好總結過。加之過段時間可能要去做培訓,所以是時候把知識點總結一下,權當復習。當然整個蛋白質研究也算紛繁復雜,不可能面面俱到,而且很多東西我也在學習當中,肯定會出現不少紕漏 ...

Thu Jul 18 06:59:00 CST 2019 1 9679
【4】蛋白質鑒定軟件之MSGFPlus

目錄 1.簡介 2.安裝運行 3.結果 1.簡介 MSGF+也是近年來應用得比較多的蛋白鑒定軟件。java寫的,2008年初次發表JPR,2014年升級發表NC,免費開源,持續更新維護,良心軟件。而且,有研究者對不同蛋白質鑒定軟件進行比較分析 ...

Sat Aug 29 01:53:00 CST 2020 0 836
【5】蛋白質鑒定定量軟件之PD

目錄 1.簡介 2.安裝與配置 3.分析流程 4.結果 1.簡介 PD全稱Proteome Discoverer,是ThermoFisher在2008年推出的商業Windows軟件,沒錯,收費,還不菲。而且主要也是針對他們家的obitrap產出數據 ...

Sat Aug 29 05:33:00 CST 2020 0 1961
【6】蛋白質鑒定定量軟件之MaxQuant

目錄 1.簡介 2.下載安裝 3.配置與運行 4.結果 5.Perseus后處理 6.小結 1.簡介 2016年,德國馬普所的Cox和蛋白質領域巨擘Matthias Mann合作開發了MaxQuant軟件(MQ),並發表在nbt ...

Sat Aug 29 07:48:00 CST 2020 1 7725
質譜和蛋白質領域簡述

從事基於質譜的蛋白質信息分析也有一年多時間了,回過頭來還是需要縷一縷這個領域的方方面面,溫故知新。 簡要概述 蛋白質(Proteomics)是研究一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質的統稱。作為系統生物中的重要組成部分,處於中心法則下游,相比於基因和轉錄而言,發展比較緩慢 ...

Mon Jun 24 03:21:00 CST 2019 0 2200
 
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