甲基化數據QC：使用甲基化數據計算樣本間的相關性
樣本間的相關性，可以反映公司加樣時是否存在重復加樣的錯誤。 下面簡要介紹一下如果利用甲基化數據計算樣本間的相關性 1、提取甲基化探針的snp位點、CpG的beta值 下面用的示例文件是minfi包自帶的。 如果是自己的數據，那么提取甲基化snp位點用的是沒有經過過濾的原始數據 ...
原文：甲基化樣本和CpG位點QC的總流程（450k和850k）
這篇應該是甲基化QC的最后一篇啦。 感謝健明帶入門。 我前面已經寫完兩篇： QC :甲基化數據QC：使用甲基化數據計算樣本間的相關性 QC :甲基化數據QC: 使用甲基化數據推測SNP基因型 ewastools工具 下面補充一下對甲基化樣本和CpG位點QC的總流程： 導入 加載安裝包 加載數據 加載甲基化注釋包 加載樣本信息數據 讀取甲基化的原始數據idat 將樣本名添加到甲基化數據中 開始QC ...
2020-06-23 21:58 0 2151 推薦指數：
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