原文:生信文件格式-BED文件

BED文件格式 注釋文件就是基因組的說明書。告訴我們哪些序列是編碼蛋白的基因,哪些是非編碼基因,外顯子 內含子 UTR等的位置等等。注釋文件在以下三個提供參考基因組的網站中都有提供,比如Ensemble NCBI UCSC。但是現在最權威的人類和小鼠基因組的注釋還屬Gencode數據庫。 基因組注釋 genomic features 通常使用Browser Extensible Data BED ...

2020-06-22 15:56 0 580 推薦指數:

查看詳情

信文件格式-SAM文件

SAM文件格式 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比對文件格式,詳細介紹文檔 以下內容參考2019年1月SAM文件說明文檔,具體細節請關注最新文檔說明 SAM文件由兩部分組成:頭部信息和比對信息,都是以tab鍵分隔 ...

Tue Jun 23 00:07:00 CST 2020 0 1526
BED文件格式

BED 文件格式 BED 文件格式是一個可變方式的數據線,用來描述注釋的數據。BED線有3個要求的字段和9個額外的字段。每條線的字段數目必須是任意單條數據的在注釋上一致。可選字段的序試結合低數字的字段必須流行如果高位字段被使用。 首先是三個要求的BED字段 chrom ...

Thu Aug 30 17:56:00 CST 2012 0 3336
BED文件格式

bed文件(browse extensive data)以及gff文件(general fearture format) bed文件 第一列是染色體或者contig信息。 第二列是起始位置,從0開始。 第三列是終止位置。 第四列是bed列的名字。 第五列是score。 第六列是鏈方向 ...

Tue Mar 10 00:08:00 CST 2020 0 1004
bed文件格式解讀

1)BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一個格式 ,提供了一種靈活的方式來定義的數據行,以用來描述注釋信息。BED行有3個必須的列和9個額外可選的列。每行的數據格式要求一致(見下圖)。 每條線的字段 ...

Sun Aug 19 19:43:00 CST 2018 0 811
bedtools神器 | gtf轉bed | bed文件運算

我們信技能書有一篇介紹bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf轉bed用Linux命令完全可以實現,因為gtf每一行比較規律,不像fasta和fastq ...

Sun Mar 25 12:16:00 CST 2018 0 3738
信文件下載位置

信文件下載位置 手機升級了,安卓11之后,Android/data 文件夾里面的內容就不能看了,哪怕是用系統自帶的文件資源管理器,我也看不到文件里面的東西。最最郁悶的是,QQ,微信,還有一些其他的常用的應用下載的東西都在里面。 我現在要看一個東西,我都要在電腦上打開軟件,另外保存 ...

Sat Apr 24 20:58:00 CST 2021 0 752
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM