ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 數據分析流程
補充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程，雖然可以完成任務，但是數據量一多，批次多起來，就非常難管理。 既然別人提供了這么好的流程，那就要用起來，管理起來不是一般的輕松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安裝比較麻煩，沒有針對local的一鍵安裝 ...
原文：ATAC-seq數據處理流程 | 自定義 & 個性化分析
本文的分析套路劍指 分的journal，全是干貨。 發現一個不錯的專題，講得很詳細。 ATAC seq ChIP seq分析方法 其中一個細節IDR，講得很通俗。 第 篇：重復樣本的處理 IDR ATAC seq data analysis: from FASTQ to peaks 基本概念： ATAC seq和ChIP seq鑒定出來的peak到底是一些什么區域 除了promotoer就是enh ...
2020-05-25 00:14 0 4253 推薦指數：
相關推薦
ATAC-seq
ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing） 是2013年由斯坦福大學William J. Greenleaf和Howard Y. Chang實驗室開發的用於研究染色質可及性 ...
使用DiffBind 進行ATAC-seq peaks差異分析
DiffBind是基於peak的差異分析包，peaks由其他peak caller軟件生成，如MACS2、HOMER.一個peak可能表示一個染色質開放區域、蛋白質結合位點等。call出來的peak是包含它的染色體、開始和結束位置信息的，然后可以通過bam文件根絕位置信息獲取在peak上的read ...
源碼分析springboot自定義jackson序列化，默認null值個性化處理返回值
最近項目要實現一種需求，對於后端返回給前端的json格式的一種規范，不允許缺少字段和字段值都為null，所以琢磨了一下如何進行將springboot的Jackson序列化自定義一下，先看看如何實現，再去看源碼 第一步：寫配置類 第二步：編寫值為null時的自定義序列化 ...
三 Hive 數據處理 自定義函數UDF和Transform
三 Hive 自定義函數UDF和Transform 開篇提示： 快速鏈接beeline的方式： 1.自定義函數UDF 當Hive提供的內置函數無法滿足你的業務處理需要時，此時就可以考慮使用用戶自定義函數（UDF：user-defined function ...
常見基因組功能數據介紹 | 表觀注釋 | DNase-seq | ChIP-Seq | ATAC-Seq | eQTL | ENCODE | ROADMAP
頗多，需要一點耐心。 各種類型的數據可以直接在這個genome browser里瀏覽：http:// ...
表觀遺傳、開放染色質測序、ATAC-seq、ChIP-seq簡介
表觀遺傳 表觀遺傳的3個機制：DNA甲基化；組蛋白修飾；chromatin remodeling 開放染色質測序： 參考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/ ...
Qt 個性化標題欄，自定義標題欄
目前還沒有達到自己滿意的地步，魔方別人寫的的，先提供參考，后面在加入新的東西 頭文件 #ifndef TITLEBAR_H #define TITLEBAR_H #include & ...