DNA甲基化
一、DNA甲基化簡介 1 、概念：DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳，是指DNA被化學小分子修飾的一種方式，即甲基（-CH3）共價結合到脫氧核糖核苷酸上，可以不改變脫氧核糖核苷酸序列而引起基因表達的的改變。 2 、發生位點：真核生物常見的甲基化位點有CpG（最主要）、CHG（H指A/T/C ...
原文：在甲基化ChAMP包中加入協變量
最近在分析甲基化數據，發現ChAMP包的輸入端是beta 甲基化數據 和pheno 表型數據 ，找不到校正協變量 比如年齡 性別 批次等 的輸入端。 如下代碼所示： 查了一下ChAMP包的代碼，發現ChAMP包調用的是limma函數。 因此，這事就比較好解決了。 只需要在原代碼的基礎上修改model就行了。 下面介紹一下如何修改model。 創建甲基化數據集和表型 協變量數據集 甲基化數據如下所示 ...
2020-05-19 22:24 0 726 推薦指數：
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