原文:R語言繪圖——層次聚類圖及樹狀圖添加side bar

聚類分析作圖往往包含熱圖 heatmap 和樹狀圖 dendrogram 。熱圖用來展示每個樣本點數值大小和聚集模式。樹狀圖用來表示樣本之間以及變量之間的距離遠近 或者相似性大小 。R官網目前提供了至少 個可以繪制熱圖的包 packages ,其中比較常見的 可以添加行列注釋信息條的聚類作圖包有pheatmap gplots等等。以下簡單介紹一下對熱圖 heatmap 和樹狀圖 dendrogra ...

2020-04-19 21:55 0 2846 推薦指數:

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R語言繪圖——給樹狀的標簽賦予不同顏色

R包dendextend是一個樹狀繪圖的綜合工具,它提供了一系列的調整樹狀的圖形參數,如顏色,大小以及分支類型、節點和標簽等,能用來可視化和比較樹狀。接下來簡單介紹其賦予不同樣本(或標簽)不同顏色的功能。 不同標簽,不同顏色 同一類別,同一顏色 有時候想直觀地看看同一類別是否聚 ...

Mon Apr 27 05:46:00 CST 2020 0 1730
R語言聚類(划分、層次

R語言聚類 K划分 1、 隨機生成3個簇點 > c1=cbind(rnorm(20,2,1),rnorm(20,2,1)) > c2=cbind(rnorm(20,3,2),rnorm(20,15,3)) > c3=cbind(rnorm(20,20,2),rnorm ...

Sat May 10 06:50:00 CST 2014 0 2802
R語言畫棒狀bar chart)和誤差棒(error bar

假設我們現在有CC,CG,GG三種基因型及三種基因型對應的表型,我們現在想要畫出不同的基因型對應表型的棒狀及誤差棒。整個命令最重要的就是最后一句了,用arrows函數畫誤差棒。用到的R語言如下: data<-read.csv("E:/model/data.csv",sep ...

Thu Jan 19 01:04:00 CST 2017 0 1758
python 凝聚聚類樹狀

1、腳本 2、聚類過程的示意樹狀 3、按語 此樹狀的底部顯示的是數據點,這些數據點作為葉節點最終形成一棵聚類樹,每合並兩個兩個簇就生成一個父節點。 ...

Fri Jan 31 06:28:00 CST 2020 0 1456
聚類分析樹狀的初探

參考官方文檔:https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/index.html   此次使用聚類分析是因為文章需要,然后參考官方文檔簡單制作滿足分析要求的樹狀。   因為到時候在A4紙上需要把三個排版一下,所以在輸出的時候就把圖片設置的比較 ...

Wed Mar 06 01:26:00 CST 2019 0 817
15、R語言聚類樹的繪圖原理

  聚類廣泛用於數據分析。去年研究了一下R語言聚類樹的繪圖原理。以芯片分析為例,我們來給一些樣品做聚類分析。聚類的方法有很多種,我們選擇Pearson距離、ward方法。 選擇的樣品有: R語言代碼實現Pearson聚類R語言作圖 ...

Fri May 22 23:26:00 CST 2015 0 3734
 
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