原文:tabix 操作VCF文件

tabix 可以對NGS分析中常見格式的文件建立索引,從而加快訪問速度,不僅支持VCF文件,還支持BED, GFF,SAM等格式。 下載地址: 由於snp數量多,所以vcf文件也非常大,常見做法用bgzip進行壓縮 壓縮之后,原本的view.vcf文件就變成了view.vcf.gz文件。壓縮后綴為.gz, 如果想要解壓縮,有以下兩種用法 需要注意的是,兩種算法雖然有相似之處,但是還是有本質區別的, ...

2020-03-25 20:50 0 3929 推薦指數:

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bcftools合並vcf文件

見命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz   參考鏈接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...

Fri Jul 06 23:10:00 CST 2018 5 1305
vcards(vcf)文件轉Excel

有一個安卓手機導出的通訊錄文件是.vcf格式的,想把這里面的聯系人都提取出來,轉換成Excel表格,網上有轉換工具,不過吧是收費的, 看了一下Vcf文件還是很有規律的,感覺使用Io流讀取信息,然后生成Excel問題還是不大的,我這里只提取了簡單的名字和手機號碼,應該可以有更多的信息 比如聯系地址 ...

Thu Feb 06 20:43:00 CST 2020 0 2666
【BCFTOOLS】按樣本拆分VCF文件

在對vcf操作有這樣三個軟件: 利用Bcftools按樣本拆分文件主要利用了“--view”這個軟件包,主要代碼如下: 這里面三個參數: 就可以完成了。 ...

Fri Jul 13 18:05:00 CST 2018 0 1418
【Bcftools】合並不同sample的vcf文件,通過bcftools

通過GATK calling出來的SNP如果使用UnifiedGenotype獲得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD則需要Vcf文件是multi-sample的,這里就需要我們將不同samples的文件進行合並,可以通過vcftools的perl模塊進行 ...

Fri Jul 13 23:07:00 CST 2018 0 4474
利用vcftools比較兩個vcf文件

因為最近有一項工作是比較填充准確性的,中間有用到vcftools比較兩個vcf文件。 使用命令也很簡單: 運行結束會生成一個名為Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位點信息 ...

Thu Dec 12 04:27:00 CST 2019 0 342
 
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