該軟件功能強大，兼容所有系統。 網站：http://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/ 下載，解壓，安裝seqkit軟件，下載二進制文件較好。 一、序列操作： 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > ...

一、序列操作： 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 2.取互補序列 seq test.fa -p > test_com.fa 3.取反向互補序列 seqkit seq test.fa -r -p > ...

有時候需要個性化處理原始序列，自己寫python腳本太慢，且速度太慢，可以用seqkit這個工具，開發得不錯。 2021年12月02日 另一個需求：需要從Cell Ranger處理后的bam文件里提取出未比對的reads，然后再去比對到YFP序列上，確定每個細胞是否被YFP標記 ...

samtools faidx 能夠對fasta 序列建立一個后綴為.fai 的文件，根據這個.fai 文件和原始的fastsa文件， 能夠快速的提取任意區域的序列 用法： samtools faidx input.fa 該命令對輸入的fasta序列有一定要求：對於每條序列，除了最后一行 ...

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1.統計大於號開始的行數或seqkit 工具 Total sequence length 5,759,798,599 Total ungapped length 5,759,798,599 Number of contigs 1,397,492 Contig N50 9,587 Contig ...

同樣的名為read_1.fa 的fasta文件，里面有若干序列，如： > ...

利用python腳本，提取指定ID名稱的序列 ...