原文:基因組共線性分析工具MCScanX

軟件簡介 MCScanX工具集對MCScan算法進行了調整,用於檢測共線性和同線性區域,還增加了可視化和下游分析。。MCscanX有三個核心工具,以及 個下游分析工具。 軟件安裝 進入官網http: chibba.pgml.uga.edu mcscan tm,下載安裝 軟件使用 所需要文件 兩個或多個物種的gff文件,蛋白序列 該軟件最多能做 個物種的共線性 第一步:構建索引,進行blastp比對 ...

2020-03-17 12:54 0 3218 推薦指數:

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基因組共線性分析方法

#===================================== 版本1 ================================== 鏈接地址:http://chib ...

Tue Nov 28 01:49:00 CST 2017 0 4061
基因共線性

共線性又稱同線性,是一個物種的基因組中相互連鎖的基因,在另一物種的基因組中也是連鎖關系, 而且在兩個物種的遺傳圖上的位置也是相同的 。 ...

Tue Oct 29 03:21:00 CST 2019 0 1004
共線性分析-MCscan - python (jcvi)

本來是不會再寫這個文檔的,但是由於長時間沒有用這個模塊,這個模塊不知道是我自己弄掉了,還是別的同學誤刪了,於是我重新安裝一下。 首先下載conda,並下載好python which pip ...

Wed Nov 04 02:22:00 CST 2020 0 1067
多重共線性

檢驗多重共線 如果發現存在多重共線性,可以采取以下處理方法。 (1)如果不關心具體的回歸系數,而只關心整個方程預測被解釋變量的能力,則通常可以不必理會多重共線性(假設你的整個方程是顯著的)。這是因為,多重共線性的主要后果是使得對單個變量的貢獻估計不准,但所有變量的整體效應仍可以較准確 ...

Fri Sep 03 22:28:00 CST 2021 0 122
基因組測序及分析

基因組測序: 濃度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA兩次需要量>=3ug 宏基因組測序需要提供什么樣品要求? (1)提供環境微生物的基因組DNA或者擴增產物,OD值在1.8 ...

Wed Aug 02 05:39:00 CST 2017 0 1129
GWAS全基因組關聯分析

出處:bilibili 關聯分析(Association):在交易數據、關系數據或其他信息載體中 ...

Sun Jun 13 23:55:00 CST 2021 0 4672
講講共線性問題

,也沒有多重共線性的問題。但是對於回歸算法,不論是一般回歸,邏輯回歸,或存活分析,都要同時考慮多個預測 ...

Tue Dec 19 06:31:00 CST 2017 0 1059
 
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