原文:使用Juicer組裝HiC

Juicer相比其他軟件還是蠻有優勢的。文章中介紹突出的兩個優點是 流程化,使用簡單。 高性能,平行計算,對大數據友好。 Under home user juicedir, there should be a folder references that contains the reference fasta file for your genome and the BWA index fil ...

2020-03-03 20:54 0 901 推薦指數:

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HiC

Hi-C是高通量染色體構象捕獲(High-throughput Chromosome Conformation Capture, Hi-C)技術的簡稱,開發於2009年,最初用於捕獲全基 ...

Fri Dec 20 01:27:00 CST 2019 0 1154
【基因組組裝HiC掛載軟件以及如何用Juice_box手工糾錯?

目錄 1.常用HiC掛載軟件 2. Juice_box手工糾錯 1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC 張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開發。如果是復雜基因組,肯定是首選。對於簡單基因組,我跑了下,結果不佳。提了issue,張老師特意開發 ...

Mon Mar 29 07:18:00 CST 2021 0 1036
Juicer模板引擎使用筆記

關於Juicer:Juicer 是一個高效、輕量的前端 (Javascript) 模板引擎,使用 Juicer 可以是你的代碼實現數據和視圖模型的分離(MVC)。 除此之外,它還可以在 Node.js 環境中運行。Juicer中文文檔地址:http://juicer.name/docs ...

Tue Sep 27 07:01:00 CST 2016 0 2232
使用 CompletableFuture 異步組裝數據

使用 CompletableFuture 異步組裝數據 一種快捷、優雅的異步組裝數據方式 實際項目中經常遇到這種情況: 從多個表中查找到數據然后拼裝成一個VO返回給前端。 這個過程有可能會非常耗時。因為最終每一條返回的VO數據是由多個表中的數據拼裝而成,如果項目還是微服務需要從其他服務獲取數據 ...

Sun Feb 02 07:41:00 CST 2020 0 1081
SOAPdenovo組裝軟件使用記錄

背景: 1、為什么要從頭測序組裝基因組? 基因組是不同表型的遺傳基礎;獲得參考基因組是深入研究一個生物體全基因組的第一步也是必須的一步;從頭測序組裝能夠對新的測序物種構建參考基因組; 2、為什么要研究全基因組? 確定基因組中缺失了什么;確定難以生化研究的基因和pathways ...

Sat May 27 21:57:00 CST 2017 0 5333
jstree -- 使用JSON 數據組裝成樹

概述: 前面主要是html數據,這里主要是json數組 1.格式 jsTree需要一個具體格式JSON數據,在標准的語法沒有那個字段是必須的-而是那些是你需要的。請記住你可以獲取任何你請求的其他屬性,jsTree將會不會碰他們,你將有可能在隨后使用它們。 為了改變節點的圖標你可以是用屬性 ...

Tue Aug 29 21:55:00 CST 2017 0 2853
 
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