GO KEGG富集分析繪圖
柱狀圖 讀取數據 轉換term為因子 設置柱子顏色 繪圖(柱狀圖) 繪圖（氣泡圖） ...
原文：【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小結
前言 關於clusterProfiler這個R包就不介紹了，網紅教授宣傳得很成功，功能也比較強大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可視化。簡單總結下用法，以后用時可直接找來用。 首先考慮一個問題：clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注釋信息來自哪里 GO的注釋信息來自Bioconductor，提供了 個物種的org類型的GO注釋信息，如下表所示。Bioconductor中更 ...
2020-01-06 23:46 6 22375 推薦指數：
相關推薦
使用clusterProfiler進行GO富集分析
使用clusterProfiler進行GO富集分析原創weixin_43569478 最后發布於2018-11-05 10:06:43 閱讀數 12741 收藏展開歡迎關注微信公眾號《生信修煉手冊》! clusterProfiler是一個功能強大的R包，同時支持GO和KEGG的富集分析 ...
DAVID 進行 GO/KEGG 功能富集分析
何為功能富集分析？ 功能富集分析是將基因或者蛋白列表分成多個部分，即將一堆基因進行分類，而這里的分類標准往往是按照基因的功能來限定的。換句話說，就是把一個基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，並和生物學表型關聯起來。 何為GO和KEGG？ 為了解決將基因按照功能進行分類的問題，科學家們開發 ...
GO 和 KEGG 的區別 | GO KEGG數據庫用法 | 基因集功能注釋 | 代謝通路富集
一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常，因為它們的本質是相通的，都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫，應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個 ...
AnnotationHub, clusterProfiler 進行GO，KEGG注釋
1⃣️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub，顧名思義，就是注釋信息的中裝站。通過它，能找到了幾乎所有的注釋資源。如果沒有，你還可以根據已有的數據用它提供的函數 ...
KEGG富集分析散點圖.md
輸入數據格式 輸出圖片 ...
GSEABase | clusterProfiler | GSEA富集分析 | MSigDB
2023年09月01日 log2FC <- log2(rowMeans(TPM[,high.samples])+1) - log2(rowMeans(TPM[,low.sample ...
RNA-Seq分析——KEGG富集分析
入學到現在已經有小半年了，最近正好在做RNA-Seq的分析，記錄一下自己的成長軌跡。 以下是我用clusterProfiler對擬南芥的差異表達基因做的kegg富集分析： # 載入需要的R包 library(clusterProfiler) # 載入我用edgeR得到的差異表達 ...