原文:PAML 選擇壓力的計算

簡介 PAML Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood 是倫敦大學的楊子恆 Yang Ziheng 教 授開發的一套基於最大似然估計來對蛋白質和核酸序列進行系統發育分析的軟件,對學術使用是 免費的。楊子恆教授維護和發布PAML在UNIX Linux MAC OS X平台下的ANSI C的源程序和MS Windows下的可執行文件。 PAML可實現系 ...

2019-12-31 20:53 0 1126 推薦指數:

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paml選擇分析

自然選擇是五種遺傳力(突變、重組、選擇、基因流、漂變)之一,選擇壓力分析更是進化分析中不可或缺的一項重要內容。 自然選擇的檢測 非同義替代與同義替換的比值,即:ω 值,也就是通常所說的dN/dS(或Ka/Ks)。 (1)當ω =1時,中性進化 (Neutral ...

Tue Aug 04 23:25:00 CST 2020 0 3143
通過PAML中的CODEML模塊計算dnds的過程以及踩坑

最近幫女朋友做畢業設計的時候用到了 PAML這個軟件的codeml功能,發現網上相關的資料很少,於是把自己踩的一些坑分享一下,希望能幫到其他有相同困難的人 一、下載與安裝 PAML軟件下載地址 DAMBE軟件下載地址 二、使用方法 首先准備好 ...

Fri May 15 22:57:00 CST 2020 0 556
kaks calculator批量計算多個基因的選擇壓力kaks值

歡迎來到"bio生物信息"的世界 今天給大家帶來“批量計算kaks值”的技能。 關於kaks的背景知識我就不介紹了,感興趣的自行搜索,這里直接開始講怎么批量計算kaks值。 1 文件准備 首先准備兩個文件,一個是基因的cds序列,一個是蛋白質序列。 cds序列和蛋白質可以在ensembl ...

Sat Feb 29 01:06:00 CST 2020 4 3041
JMeter壓力測試及並發量計算-1

一、JMeter的安裝(Linux) 1. 下載JMeter:這個就不細說了,直接去(http://jmeter.apache.org/download_jmeter.cgi)下載。 2. 解壓: ...

Tue Feb 06 23:25:00 CST 2018 1 29434
JMeter壓力測試及並發量計算-2

一個每天1000萬PV的網站需要什么樣的性能去支撐呢?繼續上一篇,下面我們就來計算一下,前面我們已經搞到了一票數據,但是這些數據的意義還沒有說。技術是為業務服務的,下面就來說說怎么讓些數據變得有意義。 一、聚合報告初識聚合報告是不是有些眼熟,是的你沒看錯,他跟Apache AB的結果是類似 ...

Tue Feb 06 23:26:00 CST 2018 1 9917
計算之路:為什么要選擇計算

計算之路系列博文分享的是我們將網站從IDC機房遷移至雲計算平台的實際經歷,目前處於准備階段,這次分享的是我們為什么要選擇計算。 這篇博文分享五個方面的考慮。 一、有效解決硬件單點故障問題 單點故障是指某個硬件的故障造成網站某個服務的中斷。要真正解決這個問題,需要為每個硬件准備冗余,這不 ...

Wed Feb 27 23:57:00 CST 2013 29 9037
 
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