plink: 計算多個SNP集的連鎖不平衡（ld）
plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter all.snp文件如下所示： ...
原文：利用plink軟件基於LD信息過濾SNP
最近有需求，對WGS測序獲得SNP信息進行篩減，可問題是測序個體少，call rate，maf，hwe，等條件過濾后，snp數量還是千萬級別，所以后面利用plink工具根據LD信息來濾除大量SNP標記。 工具版本：PLINK v . b . bit Aug 一 格式轉換 首先將准備好的vcf文件轉換下格式，map和ped格式： map文件第二列必須要有唯一標識，否則后面區分不了那些snp被剔除 此 ...
2019-12-11 21:21 0 1172 推薦指數：
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