我們是在驗證時才使用注釋,這種拿不准確數據來驗證新的數據的方法確實值得思考。 那么GO和KEGG常見注 ...
AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顧名思義,就是注釋信息的中裝站。通過它,能找到了幾乎所有的注釋資源。如果沒有,你還可以根據已有的數據用它提供的函數進行構建。 . 加載AnnotationHub library AnnotationHub 獲取數據庫 ah AnnotationHub . 搜索自己所需數據庫並下載 res lt query ah, Spi ...
2019-11-15 14:13 0 387 推薦指數:
我們是在驗證時才使用注釋,這種拿不准確數據來驗證新的數據的方法確實值得思考。 那么GO和KEGG常見注 ...
(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###畫GO圖library(Annotati ...
前言 關於clusterProfiler這個R包就不介紹了,網紅教授宣傳得很成功,功能也比較強大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可視化。簡單總結下用法,以后用時可直接找來用。 首先考慮一個問題:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注釋信息來自哪里? GO的注釋信息 ...
使用clusterProfiler進行GO富集分析原創weixin_43569478 最后發布於2018-11-05 10:06:43 閱讀數 12741 收藏展開歡迎關注微信公眾號《生信修煉手冊》! clusterProfiler是一個功能強大的R包,同時支持GO和KEGG的富集分析 ...
在 KEGG 數據庫中,把功能相似的蛋白質歸為同一組,然后標上 KO 號。通過相似性比對,可以為未知功能的蛋白序列注釋上 KO 號。 截止到 2015 年 6 月 12 日,KEGG 數據庫中共收錄了 3,904 個完整的基因組。其中 304 個為真核生物,3,600 個為原核生物。在真 ...
何為功能富集分析? 功能富集分析是將基因或者蛋白列表分成多個部分,即將一堆基因進行分類,而這里的分類標准往往是按照基因的功能來限定的。換句話說,就是把一個基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,並和生物學表型關聯起來。 何為GO和KEGG? 為了解決將基因按照功能進行分類的問題,科學家們開發 ...
一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常,因為它們的本質是相通的,都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫,應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個案例來詳細說明兩者的區別: 推薦一個沒有任何基礎的人都能使用的gene set注釋工具 ...
KEGG mapper: 輸入:cufdiff生成的差異基因列表(log2fold_change的絕對值>1, pvalue<0.01) 目的:在KEGG網站中,利用KEGG mapper工具進行pathway注釋。 過程: 1. ID轉換:將gene symbol轉換 ...