原文:使用VEGAS2(Versatile Gene-based Association Study)進行gene based的關聯分析研究

gene based關聯分析研究是SNP based關聯分析研究的一個補充。 目前有很多工具支持gene based關聯分析研究,比如GCTA,VEGAS 等。 下面主要介紹一下怎么用VEGAS 做gene based的關聯分析研究。 先說VEGAS 的優點,輸入特別簡單,不需要准備太多輸入文件。 缺點,我后面再提。 VEGAS 提供了兩種方式跑gene based的關聯分析。 一種是在線的,一種 ...

2019-11-12 17:44 0 275 推薦指數:

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基於GCTA的gene-based關聯分析研究

今天博主博士答辯完畢啦,超開心的,撒花~ 雖然很疲憊(昨晚太晚睡了==),但想到今天跟師妹說給她gene-based關聯分析的方法。 於是,決定還是整理好了再休息休息。 好,進入主題。 之前的推文我曾經寫過使用VEGAS2Versatile Gene-based Association ...

Tue Nov 24 03:31:00 CST 2020 2 510
基於 MAGMA 的 gene-based 關聯分析研究

之前已經寫過兩篇gene-based 關聯分析研究,感興趣翻往期推文: 基於GCTA的gene-based關聯分析研究 使用VEGAS2Versatile Gene-based Association Study進行gene based研究 今日再介紹第三款軟件:MAGMA 跟前 ...

Thu Apr 08 02:09:00 CST 2021 0 330
如何研究某個gene的ceRNA 網絡

研究人員針對 PTEN 這個關鍵的抑癌基因,來探究調控該基因表達的ceRNA 網絡; 分析策略: 1)預測能調控該基因的miRNAs 通過miRanda 軟件預測和實驗驗證相結合的方式,挑選出 miR-17-5p, miR-19a,miR-19b, miR-20a, miR-20b ...

Tue May 02 22:12:00 CST 2017 0 1870
gene ID,gene symbole,EnsembleID

gene symbol: TP53 gene ID:7157。Entrez Gene ID,它是目前國際上最權威的Gene ID編號! GENECODE:GENECODE來自Ensembl數據庫。沒有ID。它有gtf文件。 HGNC(人類基因命名委員會)只對人類基因進行命名 ...

Tue Oct 15 16:50:00 CST 2019 0 1688
Gene Ontology (GO) 簡介

為了查找某個研究領域的相關信息,生物學家往往要花費大量的時間,更糟糕的是,不同的生物學數據庫可能會使用不同的術語,好比是一些方言一樣,這讓信息查找更加麻煩,尤其是使得機器查找無章可循。Gene Ontology就是為了解決這種問題而發起的一個項目。 Gene Ontology中最基本的概念 ...

Tue Mar 20 04:54:00 CST 2012 0 6610
MAGMA——做gene analysis的GWAS數據分析軟件

目錄: overview download quick start 【Overview】 MAGMA是一個用於GWAS數據分析的軟件,首次發表於文章: de Leeuw C, Mooij J, Heskes T, Posthuma D (2015 ...

Sun Oct 25 05:54:00 CST 2020 0 977
 
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