原文:DAVID 進行 GO/KEGG 功能富集分析

何為功能富集分析 功能富集分析是將基因或者蛋白列表分成多個部分,即將一堆基因進行分類,而這里的分類標准往往是按照基因的功能來限定的。換句話說,就是把一個基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,並和生物學表型關聯起來。 何為GO和KEGG 為了解決將基因按照功能進行分類的問題,科學家們開發了很多基因功能注釋數據庫,。這其中比較有名的一個就是Gene Ontology 基因本體論,GO 和Kyoto ...

2019-10-11 19:27 1 10035 推薦指數:

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GO KEGG富集分析繪圖

柱狀圖 讀取數據 轉換term為因子 設置柱子顏色 繪圖(柱狀圖) 繪圖(氣泡圖) ...

Mon Jun 15 09:01:00 CST 2020 0 1178
網頁工具KOBAS進行KEGG富集分析

KOBAS的介紹 KOBAS是北大生物信息中心研發的一個網頁工具,用來基因/蛋白功能注釋(注釋模塊)和功能基因集富集(富集模塊)。以下是KOBAS的英文介紹: KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation ...

Sat Jan 04 21:32:00 CST 2020 0 5837
kegg富集分析之:KEGGREST包(9大功能

這個包依賴極有可能是這個:https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ,如果可以看懂會很好理解 由於KEGG數據庫分享數據的策略改變,因此KEGG.db包不在能用,推薦KEGGREST包 But a number of years ago,KEGG ...

Wed Sep 12 23:01:00 CST 2018 0 2407
【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小結

前言 關於clusterProfiler這個R包就不介紹了,網紅教授宣傳得很成功,功能也比較強大,主要是做GOKEGG功能富集及其可視化。簡單總結下用法,以后用時可直接找來用。 首先考慮一個問題:clusterProfiler做GOKEGG富集分析的注釋信息來自哪里? GO的注釋信息 ...

Tue Jan 07 07:46:00 CST 2020 6 22375
GOKEGG 的區別 | GO KEGG數據庫用法 | 基因集功能注釋 | 代謝通路富集

一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常,因為它們的本質是相通的,都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫,應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個案例來詳細說明兩者的區別: 推薦一個沒有任何基礎的人都能使用的gene set注釋工具 ...

Thu Jan 19 01:37:00 CST 2017 0 41736
使用clusterProfiler進行GO富集分析

使用clusterProfiler進行GO富集分析原創weixin_43569478 最后發布於2018-11-05 10:06:43 閱讀數 12741 收藏展開歡迎關注微信公眾號《生信修煉手冊》! clusterProfiler是一個功能強大的R包,同時支持GOKEGG富集分析 ...

Sun Mar 22 22:53:00 CST 2020 0 1094
富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

前言 一般我們挑出一堆感興趣的基因想臨時看看它們的功能,需要做個富集分析。雖然公司買了最新版的數據庫,如KEGG,但在集群跑下來嫌麻煩。這時網頁在線或者本地化工具派上用場了。 DAVID DAVID地址 以前我會首選DAVID,原因是方便簡單。有人說它數據庫更新慢,不准 ...

Tue May 28 19:20:00 CST 2019 0 7380
 
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