全基因組關聯分析除了找到顯著的關聯位點，我們還可以做基因優化 geneset富集分析 組織富集分析，下面具體講一講怎么利用GWAS的summary數據做這個分析。 summary數據就是關聯分析的結果文件 軟件安裝前請確保需要滿足的系統環境 . 支持Mac OS X 或者 UNIX， 不支持windows系統 . Java SE 或者更高 ，沒有安裝Java請自行安裝 . 需要PIP 怎么確定系統 ...
2019-09-19 11:23 0 393 推薦指數：
R批量做GSEA分析還沒有官方的包，但是clusterprofiler可以做，它調用了最新的gfsea包。Gene Set Testing for RNA-seq - fgsea教程 RNA-seq是利器，大部分做實驗的老板手下都有大量轉錄組數據，所以RNA-seq的分析需求應該是很大 ...
類似篇：轉錄因子motif TSS區域富集分析 | motif enrichment | HOMER | FIMO | MEME 一個新的領域，現在我關注的是可變剪切調控因子，如PTBP1，它們有特定的RNA結合motif，類似TF。 相同點： 都是蛋白質的序列結合區域 ...
一般做完差異分析都會做這一步，目的是找到差異基因富集到的通路，進而與生物學意義聯系起來。具體的統計方法很簡單，這篇筆記里面的代碼可以從零搭建一個富集分析工具。 后台回復20211007獲取本文的測試數據和代碼，以及（單細胞）轉錄組分析中可能用到的GO KEGG富集分析代碼（這部分本文不演示 ...
1.為什么寫？ 網上教程一抓一大把，有的能重復，有的不能重復不了，很多原因。別人能做的不代表你能復制，實踐出真知。 不做搬運工，只寫有用的，防止以后忘記。每個人理解不同，記錄下來，供自己今后參考，順便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...
大家應該對通路富集分析都很熟悉，如DAVID、超幾何富集分析等。都是在大量文章中常見的通路富集方法，給大家介紹一個更加復雜的通路富集分析的前期數據處理包GSVA（gene set variation analysis）與gsea選擇。GSVA是一種非參數的無監督分析方法，主要用來評估芯片核轉錄組 ...
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱，是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目，從分子功能（molecular function）、生物學過程（biological process ...
image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method ...
前言 在生物信息學數據分析中，許多分析軟件都是基於R開發的。這里介紹一個可以在Python 中進行基因富集分析的Python 軟件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python wrapper ...
