原文:單細胞轉錄組測序數據的可變剪接(alternative splicing)分析方法總結

可變剪接 alternative splicing ,在真核生物中是一種非常基本的生物學事件。即基因轉錄后,先產生初始RNA或稱作RNA前體,然后再通過可變剪接方式,選擇性的把不同的外顯子進行重連,從而產生不同的剪接異構體 isoform 。這種方式,使得一個基因可產生多個不同的轉錄本,這些轉錄本分別在細胞 個體分化發育的不同階段,在不同的組織中有各自特異的表達和功能,從而極大地豐富了編碼RNA ...

2019-09-10 12:37 0 669 推薦指數:

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單細胞轉錄測序技術及各類數據分析方法總結

自從2009年單細胞轉錄測序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技術首次問世,至今已經有幾十種不同的scRNA-seq技術相繼被開發出來。在過去的十年里,單細胞轉錄測序技術得到了蓬勃的發展,從而使得可在單細胞水平揭示全基因范圍內所有基因的表達情況,可以更精准的開展 ...

Tue Sep 17 20:35:00 CST 2019 0 1696
單細胞測序數據的差異表達分析方法總結

無論是傳統的多細胞轉錄測序(bulk RNA-seq)還是單細胞轉錄測序(scRNA-seq),差異表達分析(differential expression analysis)是比較兩不同樣本基因表達異同的基本方法,可獲得一樣本相對於另一樣本表達顯著上調(up-regulated)和下調 ...

Sat Sep 07 22:42:00 CST 2019 0 2592
單細胞轉錄測序技術原理

From: https://mp.weixin.qq.com/s/4dtXwK1KTLXndGvO5m2BEQ 單細胞測序主要涉及單細胞基因測序轉錄測序兩個方面,分別針對單細胞DNA及RNA進行序列分析和比較。單細胞測序一直是科學家關注的一個熱點。單細胞基因測序目前主要有兩種擴增方法 ...

Wed Jun 30 17:19:00 CST 2021 0 525
單細胞測序數據的降維方法細胞亞型的鑒定聚類方法總結

圖1、細胞亞型的鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量 ...

Sat Sep 07 22:46:00 CST 2019 0 1398
單細胞測序數據的降維方法細胞亞型鑒定聚類方法總結

圖1、細胞亞型的鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量,甚至更多。其中,細胞亞型(cell ...

Fri Sep 06 06:40:00 CST 2019 0 425
基於單細胞測序數據構建細胞狀態轉換軌跡(cell trajectory)方法總結

細胞狀態轉換軌跡構建示意圖(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各種生物系統中,細胞都會展現出一系列的不同狀態(如基因表達的動態變化等),這些狀態(state)之間會按照一定的時間順序轉換。最典型的比如細胞的分化過程,從不成熟的細胞逐漸分化 ...

Mon Sep 09 01:36:00 CST 2019 0 1017
單細胞轉錄CNV分析

什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of ...

Fri May 07 22:49:00 CST 2021 0 210
轉錄(三):了解fastq測序數據

通過fastq-dump將sra文件轉換為fastq格式 fastq-dump用法 默認情況下fastq-dump不對reads進行拆分, 對於很早之前的單端測序沒有出現問題.但是對於雙端測序而言,就會把原本的兩條reads合並成一個,后續分析必然會出錯. 常見的參數有三類 ...

Sun Aug 09 21:00:00 CST 2020 0 996
 
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