自從2009年單細胞轉錄組測序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技術首次問世,至今已經有幾十種不同的scRNA-seq技術相繼被開發出來。在過去的十年里,單細胞轉錄組測序技術得到了蓬勃的發展,從而使得可在單細胞水平揭示全基因組范圍內所有基因的表達情況,可以更精准的開展 ...
可變剪接 alternative splicing ,在真核生物中是一種非常基本的生物學事件。即基因轉錄后,先產生初始RNA或稱作RNA前體,然后再通過可變剪接方式,選擇性的把不同的外顯子進行重連,從而產生不同的剪接異構體 isoform 。這種方式,使得一個基因可產生多個不同的轉錄本,這些轉錄本分別在細胞 個體分化發育的不同階段,在不同的組織中有各自特異的表達和功能,從而極大地豐富了編碼RNA ...
2019-09-10 12:37 0 669 推薦指數:
自從2009年單細胞轉錄組測序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技術首次問世,至今已經有幾十種不同的scRNA-seq技術相繼被開發出來。在過去的十年里,單細胞轉錄組測序技術得到了蓬勃的發展,從而使得可在單細胞水平揭示全基因組范圍內所有基因的表達情況,可以更精准的開展 ...
無論是傳統的多細胞轉錄組測序(bulk RNA-seq)還是單細胞轉錄組測序(scRNA-seq),差異表達分析(differential expression analysis)是比較兩組不同樣本基因表達異同的基本方法,可獲得一組樣本相對於另一組樣本表達顯著上調(up-regulated)和下調 ...
From: https://mp.weixin.qq.com/s/4dtXwK1KTLXndGvO5m2BEQ 單細胞測序主要涉及單細胞基因組測序和轉錄組測序兩個方面,分別針對單細胞DNA及RNA進行序列分析和比較。單細胞測序一直是科學家關注的一個熱點。單細胞基因組測序目前主要有兩種擴增方法 ...
圖1、細胞亞型的鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量 ...
圖1、細胞亞型的鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量,甚至更多。其中,細胞亞型(cell ...
細胞狀態轉換軌跡構建示意圖(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各種生物系統中,細胞都會展現出一系列的不同狀態(如基因表達的動態變化等),這些狀態(state)之間會按照一定的時間順序轉換。最典型的比如細胞的分化過程,從不成熟的細胞逐漸分化 ...
什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of ...
通過fastq-dump將sra文件轉換為fastq格式 fastq-dump用法 默認情況下fastq-dump不對reads進行拆分, 對於很早之前的單端測序沒有出現問題.但是對於雙端測序而言,就會把原本的兩條reads合並成一個,后續分析必然會出錯. 常見的參數有三類 ...