原文:單細胞測序數據的差異表達分析方法總結

無論是傳統的多細胞轉錄組測序 bulk RNA seq 還是單細胞轉錄組測序 scRNA seq ,差異表達分析 differential expression analysis 是比較兩組不同樣本基因表達異同的基本方法,可獲得一組樣本相對於另一組樣本表達顯著上調 up regulated 和下調的基因 down regulated ,從而可進一步研究這些差異表達基因的功能,包括富集的通路 pat ...

2019-09-07 14:42 0 2592 推薦指數:

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單細胞測序數據的降維方法細胞亞型的鑒定聚類方法總結

圖1、細胞亞型的鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量 ...

Sat Sep 07 22:46:00 CST 2019 0 1398
單細胞測序數據的降維方法細胞亞型鑒定聚類方法總結

圖1、細胞亞型的鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量,甚至更多。其中,細胞亞型(cell ...

Fri Sep 06 06:40:00 CST 2019 0 425
基於單細胞測序數據構建細胞狀態轉換軌跡(cell trajectory)方法總結

細胞狀態轉換軌跡構建示意圖(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各種生物系統中,細胞都會展現出一系列的不同狀態(如基因表達的動態變化等),這些狀態(state)之間會按照一定的時間順序轉換。最典型的比如細胞的分化過程,從不成熟的細胞逐漸分化 ...

Mon Sep 09 01:36:00 CST 2019 0 1017
單細胞轉錄組測序技術及各類數據分析方法總結

自從2009年單細胞轉錄組測序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技術首次問世,至今已經有幾十種不同的scRNA-seq技術相繼被開發出來。在過去的十年里,單細胞轉錄組測序技術得到了蓬勃的發展,從而使得可在單細胞水平揭示全基因組范圍內所有基因的表達情況,可以更精准的開展 ...

Tue Sep 17 20:35:00 CST 2019 0 1696
scRNA-seq單細胞測序數據分析工具匯總

本文總結自一篇綜述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 單細胞分析分為兩個層次: cell level gene level Tools for the visualization ...

Thu Jul 13 02:13:00 CST 2017 0 6366
單細胞分析實錄(7): 差異表達分析/細胞類型注釋

前面已經講解了: 單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing 單細胞分析實錄(2): 使用Cell Ranger得到表達矩陣 單細胞分析實錄(3): Cell Hashing數據拆分 單細胞分析實錄(4): doublet檢測 單細胞分析實錄(5): Seurat標准流程 單細胞 ...

Fri Jan 08 02:43:00 CST 2021 3 3438
單細胞測序學習(一)

一、單細胞測序簡介   單細胞測序技術(single cell sequencing)是指在單個細胞水平上,對基因組、轉錄組、表觀組進行高通量測序分析的一項新技術,它能夠彌補傳統高通量測序的局限性,揭示單個細胞的基因結構和基因表達狀態,反映細胞間的異質性。   我們經常看到的scRNA-seq ...

Thu Oct 29 17:13:00 CST 2020 0 658
 
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