使用clusterProfiler進行GO富集分析原創weixin_43569478 最后發布於2018-11-05 10:06:43 閱讀數 12741 收藏展開歡迎關注微信公眾號《生信修煉手冊》! clusterProfiler是一個功能強大的R包,同時支持GO和KEGG的富集分析 ...
最近總是有需要單獨對某一個類型的通路進行超幾何分布的p值計算,這里記錄一下python包的計算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法進行富集分析的p值計算 hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways Pathways KEGG Homo sapiens human . E set in set background ...
2019-08-22 11:25 0 909 推薦指數:
使用clusterProfiler進行GO富集分析原創weixin_43569478 最后發布於2018-11-05 10:06:43 閱讀數 12741 收藏展開歡迎關注微信公眾號《生信修煉手冊》! clusterProfiler是一個功能強大的R包,同時支持GO和KEGG的富集分析 ...
何為功能富集分析? 功能富集分析是將基因或者蛋白列表分成多個部分,即將一堆基因進行分類,而這里的分類標准往往是按照基因的功能來限定的。換句話說,就是把一個基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,並和生物學表型關聯起來。 何為GO和KEGG? 為了解決將基因按照功能進行分類的問題,科學家們開發 ...
z檢驗: 計算臨界值:scipy.stats.norm.ppf(level_of_confidence) 計算p值:scipy.stats.norm.sf(abs(z_score)) 或 1-scipy.stats.norm.cdf(abs(z_score))---左尾或右尾,雙尾檢驗需 ...
GO的主要用途之一是對基因組進行富集分析。例如,給定一組在特定條件下上調的基因,富集分析將使用該基因組的注釋發現哪些GO術語被過度表示(或未充分表示)。 富集分析工具 用戶可以直接從GOC網站的主頁進行濃縮分析。此服務連接到PANTHER分類系統 ...
基因富集分析是分析基因表達信息的一種方法,富集是指將基因按照先驗知識,也就是基因組注釋信息進行分類。 信號通路是指能將細胞外的分子信號經細胞膜傳入細胞內發揮效應的一系列酶促反應通路。這些細胞外的分子信號(稱為配體,ligand)包括激素、生長因子、細胞因子、神經遞質以及其它小分子 ...
柱狀圖 讀取數據 轉換term為因子 設置柱子顏色 繪圖(柱狀圖) 繪圖(氣泡圖) ...
前言 在生物信息學數據分析中,許多分析軟件都是基於R開發的。這里介紹一個可以在Python 中進行基因富集分析的Python 軟件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python wrapper ...
...