原文:LD SCore計算基因多效性、遺傳度、遺傳相關性(the LD Score regression intercept, heritability and genetic correlation)

這篇文章是對之前啊啊救救我,為何我的QQ圖那么飄 全基因組關聯分析 這篇文章的一個補坑。 LD SCore除了查看顯著SNP位點對表型是否為基因多效性外,還額外補充了怎么計算表型的遺傳度和遺傳相關性。 下載 安裝ldsc git clone https: github.com bulik ldsc.git cd ldsc 安裝ldsc依賴的環境 conda env create file envi ...

2019-08-08 15:21 0 1272 推薦指數:

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LD Score regression文章 ;confounding

polygenicity多基因(很多小的遺傳效應)和混雜偏倚如隱秘的關聯和群體分層都會導致GWAS 檢驗統計量test statistics的膨脹分布(inflated distribution)。我們開發了一種方法,即LD score regression,該方法通過檢查 檢驗統計量(test ...

Sat Apr 10 01:51:00 CST 2021 0 275
ES集群內原理&相關性以及分數score計算

1. 集群相關   一個運行中的 Elasticsearch 實例稱為一個節點,而集群是由一個或者多個擁有相同 cluster.name 配置的節點組成, 它們共同承擔數據和負載的壓力。當有節點加入集群中或者從集群中移除節點時,集群將會重新平均分布所有的數據。  當一個節點被選舉成為主節點時 ...

Fri Aug 28 07:09:00 CST 2020 0 2057
一次計算多個表型的遺傳相關性(LDSC, GCTA)

遺傳相關計算之前介紹過幾次了,感興趣的翻之前的推文: 1、利用GCTA工具計算復雜性狀/特征(Complex Trait)的遺傳相關性genetic correlation) 2、LD SCore計算基因遺傳遺傳相關性 之前的兩篇推文均有一個小局限,就是針對多個表型間的遺傳 ...

Sat Oct 24 04:11:00 CST 2020 0 1091
遺傳-基因型頻率和基因頻率

歸納總結:伴X遺傳,雄性中Xb的基因頻率等於基因型頻率,在雌性中,Xb基因頻率也等於雄性中Xb基因的頻率。因為雌性有兩條X染色體,其遺傳符合遺傳平衡定律,即:(P+Q)²=P²+2PQ+Q²=1,P代表代表XB ‚Q代表Xb,P²代表XBXB,2PQ代表XBXb,Q代表XbXb。 ...

Thu Jun 06 04:28:00 CST 2019 0 504
遺傳編程/基因規划】Genetic Programming

目錄 背景介紹 程序表示 初始化 (Initialization) Depth定義 Grow方法 Full方法 Ramped half-and-half方法 適應(Fitness)與選擇(Selection ...

Mon May 18 07:56:00 CST 2020 0 606
pandas 計算相關性系數

->pandas 計算相關性系數dd["corr"] = dd["銀行"].rolling(12).corr(dd["證券"]) 回溯日期為12,計算“銀行”列與“證券”列數據的相關性系數。 與之對應的excel的計算方法: B列和C列的相關性系數,同時回溯值是6(即分別有6個值 ...

Mon Nov 09 22:58:00 CST 2020 0 1092
相關性與自相關性

相關系數度量指的是兩個不同事件彼此之間的相互影響程度;而自相關系數度量的是同一事件在兩個不同時期之間的相關程度,形象的講就是度量自己過去的行為對自己現在的影響。 自相關,也稱 序列相關。是一個信號於其自身在不同時間點的互相關。非正式地來說,它就是兩次觀察之間的相似對它們之間的時間差的函數。它是 ...

Fri Nov 22 20:29:00 CST 2019 0 399
 
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