kegg富集分析之：KEGGREST包（9大功能）
這個包依賴極有可能是這個：https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ，如果可以看懂會很好理解 由於KEGG數據庫分享數據的策略改變，因此KEGG.db包不 ...
原文：功能富集分析概述
基因功能的富集分析已成為高通量組學數據分析的常規手段，對於揭示生物醫學分子機制具有重要意義。關於GO KEGG GSEA等等這些詞，網上也有很多教程，教大家怎么做GO分析 怎么做GSEA分析等等。但我們不僅要知其然，還要知其所以然。這里，我找到兩篇富集分析的綜述，跟大家一起學習一下。 照例，先給出這兩篇文章 Ten Years of Pathway Analysis: Current Appro ...
2019-07-04 10:54 0 1933 推薦指數：
相關推薦
RNA-seq(9):功能富集分析
這部分開始進行基本的富集分析，兩類 A：差異基因富集分析（不需要表達值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有無差異，需要全部genes表達值 ...
DAVID 進行 GO/KEGG 功能富集分析
何為功能富集分析？ 功能富集分析是將基因或者蛋白列表分成多個部分，即將一堆基因進行分類，而這里的分類標准往往是按照基因的功能來限定的。換句話說，就是把一個基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，並和生物學表型關聯起來。 何為GO和KEGG？ 為了解決將基因按照功能進行分類的問題，科學家們開發 ...
GO富集分析
GO的主要用途之一是對基因組進行富集分析。例如，給定一組在特定條件下上調的基因，富集分析將使用該基因組的注釋發現哪些GO術語被過度表示（或未充分表示）。 富集分析工具 用戶可以直接從GOC網站的主頁進行濃縮分析。此服務連接到PANTHER分類系統 ...
富集分析的原理與實現
一般做完差異分析都會做這一步，目的是找到差異基因富集到的通路，進而與生物學意義聯系起來。具體的統計方法很簡單，這篇筆記里面的代碼可以從零搭建一個富集分析工具。 后台回復20211007獲取本文的測試數據和代碼，以及（單細胞）轉錄組分析中可能用到的GO KEGG富集分析代碼（這部分本文不演示 ...
Pathway富集分析氣泡圖
data.tsv > pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\t") > library(ggplot2) ...
《GSEA富集分析 - 界面操作》
生信寶典之前總結了一篇關於GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》，介紹了GSEA的定義、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，不太了解的朋友可以點擊閱讀先理解下概念 （下面摘錄一部分）。 GSEA案例解析介紹GSEA分析之前，我們先看一篇Cell文章 ...
GO富集分析 信號通路
基因富集分析是分析基因表達信息的一種方法，富集是指將基因按照先驗知識，也就是基因組注釋信息進行分類。 信號通路是指能將細胞外的分子信號經細胞膜傳入細胞內發揮效應的一系列酶促反應通路。這些細胞外的分子信號（稱為配體，ligand）包括激素、生長因子、細胞因子、神經遞質以及其它小分子 ...