原文:富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

前言 一般我們挑出一堆感興趣的基因想臨時看看它們的功能,需要做個富集分析。雖然公司買了最新版的數據庫,如KEGG,但在集群跑下來嫌麻煩。這時網頁在線或者本地化工具派上用場了。 DAVID DAVID地址 以前我會首選DAVID,原因是方便簡單。有人說它數據庫更新慢,不准確 據說被science點名批評了 ,也有人說它運行慢,數據庫更新慢是硬傷,但我只是大概看下基因集的功能,總體結果不會差到哪里去。 ...

2019-05-28 11:20 0 7380 推薦指數:

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DAVID 進行 GO/KEGG 功能富集分析

何為功能富集分析? 功能富集分析是將基因或者蛋白列表分成多個部分,即將一堆基因進行分類,而這里的分類標准往往是按照基因的功能來限定的。換句話說,就是把一個基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,並和生物學表型關聯起來。 何為GO和KEGG? 為了解決將基因按照功能進行分類的問題,科學家們開發 ...

Sat Oct 12 03:27:00 CST 2019 1 10035
功能富集分析概述

基因功能的富集分析已成為高通量組學數據分析的常規手段,對於揭示生物醫學分子機制具有重要意義。關於GO、KEGG、GSEA等等這些詞,網上也有很多教程,教大家怎么做GO分析、怎么做GSEA分析等等。但我們不僅要知其然,還要知其所以然。這里,我找到兩篇富集分析的綜述,跟大家一起學習一下 ...

Thu Jul 04 18:54:00 CST 2019 0 1933
GO富集分析

  GO的主要用途之一是對基因組進行富集分析。例如,給定一組在特定條件下上調的基因,富集分析將使用該基因組的注釋發現哪些GO術語被過度表示(或未充分表示)。   富集分析工具   用戶可以直接從GOC網站的主頁進行濃縮分析。此服務連接到PANTHER分類系統 ...

Sun Dec 16 00:52:00 CST 2018 1 8734
富集分析的原理與實現

一般做完差異分析都會做這一步,目的是找到差異基因富集到的通路,進而與生物學意義聯系起來。具體的統計方法很簡單,這篇筆記里面的代碼可以從零搭建一個富集分析工具。 后台回復20211007獲取本文的測試數據和代碼,以及(單細胞)轉錄組分析中可能用到的GO KEGG富集分析代碼(這部分本文不演示 ...

Fri Oct 29 10:20:00 CST 2021 1 491
GO富集分析 信號通路

  基因富集分析分析基因表達信息的一種方法,富集是指將基因按照先驗知識,也就是基因組注釋信息進行分類。   信號通路是指能將細胞外的分子信號經細胞膜傳入細胞內發揮效應的一系列酶促反應通路。這些細胞外的分子信號(稱為配體,ligand)包括激素、生長因子、細胞因子、神經遞質以及其它小分子 ...

Mon Jul 29 22:43:00 CST 2019 0 1069
excel之富集分析圖制作

excel之富集分析圖制作 最終效果: 原始數據: 步驟: 1.數據處理 1.1 將PV數據分組,用來創建不同顏色的柱狀圖圖例 數據處理結果:(每類數據一列。將該列其他數據刪除后將不顯示在圖標上。) 1.2創建輔助列,用於充當折線圖的x軸,將折線圖改為縱向 ...

Wed Dec 01 03:43:00 CST 2021 0 836
Pathway富集分析氣泡圖

data.tsv > pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\t") > library(ggplot2) ...

Tue Sep 19 00:07:00 CST 2017 0 5458
《GSEA富集分析 - 界面操作》

生信寶典之前總結了一篇關於GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介紹了GSEA的定義、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以點擊閱讀先理解下概念 (下面摘錄一部分)。 GSEA案例解析介紹GSEA分析之前,我們先看一篇Cell文章 ...

Fri Sep 17 06:38:00 CST 2021 0 168
 
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