上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳
SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了，審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群，不可能放在個人電腦上，因為有的數據大的嚇人（幾個T）。 所以我們就建一個文件夾，然后把所有需要的fastq文件鏈接到這個文件夾就行了（copy太慢，也太占空間 ...
原文：單細胞數據庫匯總
單細胞技術在飛速發展，隨着數據的積累，對應的數據庫也相應出現。 CellMarker 總結了目前的celltype對應的marker，同時給出了數據的文獻鏈接。 Mouse Cell Atlas 年Nature文章，相當於把整個小鼠都測了，得到了一大堆的 x數據，郭國冀。 PanglaoDB 人鼠單細胞數據庫，比較全面。Database， signatureDB B cell數據庫 CancerS ...
2019-05-18 19:24 0 2491 推薦指數：
相關推薦
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳 SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了，審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群，不可能放在個人電腦上，因為有的數據大的嚇人 ...
scRNA-seq單細胞測序數據分析工具匯總
本文總結自一篇綜述： Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 單細胞分析分為兩個層次： cell level gene level Tools for the visualization ...
單細胞數據normalization方法 | SCTransform
SCTransform Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized ...
單細胞轉錄組測序技術(scRNA-seq)及細胞分離技術分類匯總
單細胞測序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在過去的十多年里，高通量測序技術被廣泛應用於生物和醫學的各種領域，極大促進了相關的研究和應用。其中轉錄組測序（RNA-seq）被廣泛應用於測定和描繪各類物種的基因或轉錄 ...
單細胞測序學習（一）
一、單細胞測序簡介 單細胞測序技術（single cell sequencing）是指在單個細胞水平上，對基因組、轉錄組、表觀組進行高通量測序分析的一項新技術，它能夠彌補傳統高通量測序的局限性，揭示單個細胞的基因結構和基因表達狀態，反映細胞間的異質性。 我們經常看到的scRNA-seq ...
單細胞測序學習（二）
三、單細胞測序原理 今天主要介紹單細胞測序原理。10X Genomics和BD Rhapsody是目前單細胞測序的兩大主流平台，所以今天的單細胞測序原理介紹也是基於這兩個平台的。 （1）10X Genomics單細胞測序原理 上圖是10X單細胞測序的原理圖。首先要 ...
單細胞分析實錄(6): 去除批次效應/整合數據
上一篇已經講解了Seurat標准流程，推文的最后，注意到了不同樣本之間的表達數據是存在批次效應的，就像下圖這樣，有些是可以聚到一起的亞群，卻出現了不同樣本分開/偏移的情況，比如第3群，這種就是批次效應： 接下來我會介紹Seurat v3的標准整合流程、Seurat結合Harmony 的整合 ...