相較於其他三代四代數據組裝軟件(Canu(也可用於糾錯),smartdenovo,miniasm,Flye,TULIP,FALCON,FALCON-unzip等) wtdbg有如下優點: 安裝運行簡單 (可用run_wtdbg_assembly.sh腳本生成運行腳本),運行 ...
三代測序及基於三代數據的基因組組裝流程評估 : 名詞解釋 D:ONT平台僅測一個DNA分子的一條鏈,測序通量比 D高但准確率低於 D序列。 D:bi directional reads即ONT平台測DNA分子的正負兩鏈並互相矯正合並的測序數據。 OLC:Overlap Layout Consensus算法,先查找全部序列的重疊區域 overlap ,基於重疊區域可以獲得全部序列的布局圖 layo ...
2019-05-14 15:46 0 1286 推薦指數:
相較於其他三代四代數據組裝軟件(Canu(也可用於糾錯),smartdenovo,miniasm,Flye,TULIP,FALCON,FALCON-unzip等) wtdbg有如下優點: 安裝運行簡單 (可用run_wtdbg_assembly.sh腳本生成運行腳本),運行 ...
一:利用pilon軟件進行二代數據對三代數據polish 准備數據 : 三代數據組裝好的基因組文件:draft.fa illumina的雙端測序數據經過質控之后的數據:read1_fq.gz read2_fq.gz 比對(bwa) 構建索引 ...
考慮到cnblog不適合基因組領域這種類型的文章, 最終,我自己開通了公眾號:鹼基礦工,歡迎感興趣的同學關注! 也可以關注我的知乎:https://www.zhihu.com/people/yellowtree/activities 2018年1月修改:這篇文章寫於2013年,首發 ...
文件 利用第二代數據和第三代數據進行混裝(Hybrid assembly),這種方法充分發揮了第 ...
# 估算測序深度、reads數目、N50等值(自寫perl程序): $ perl ~/TangerScript/fqStat -i sunset.raw.subreads.fastq -g 372m 統計結果如下: # 基因組組裝三步走1. Correction 2. ...
項目數據: kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R1_001.fastq.gz (100X)(19G) kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R2_001.fastq.gz (100X)(20G ...
這些三代全長轉錄組測序的相關問題,可以幫到愛學習的我哦 1.什么是三代全長轉錄組測序 三代全長轉錄組測序,即利用PacBio三代測序平台對某一物種的mRNA進行測序研究。它以平均超長讀長10-15kb的優勢、結合多片段文庫篩選技術,實現了無需拼接的轉錄本分析,克服了傳統二代轉錄 ...
在日常的科研中我們時不時的會聽到小伙伴們在討論那些關於測序的東西,什么高通量測序,二代測序,Sanger測序等等。今天我們就用最簡單的言語來講解一下這三種測序技術。 一代測序技術,也被稱為Sanger測序,其實是由一個叫Sanger的人發明的一種測序方式。其利用了雙脫氧核苷酸會終止PCR的原理 ...