原文:三代測序及基於三代數據的基因組組裝流程評估

三代測序及基於三代數據的基因組組裝流程評估 : 名詞解釋 D:ONT平台僅測一個DNA分子的一條鏈,測序通量比 D高但准確率低於 D序列。 D:bi directional reads即ONT平台測DNA分子的正負兩鏈並互相矯正合並的測序數據。 OLC:Overlap Layout Consensus算法,先查找全部序列的重疊區域 overlap ,基於重疊區域可以獲得全部序列的布局圖 layo ...

2019-05-14 15:46 0 1286 推薦指數:

查看詳情

使用wtdbg利用三代數據進行基因組de novo組裝

相較於其他三代代數據組裝軟件(Canu(也可用於糾錯),smartdenovo,miniasm,Flye,TULIP,FALCON,FALCON-unzip等) wtdbg有如下優點: 安裝運行簡單 (可用run_wtdbg_assembly.sh腳本生成運行腳本),運行 ...

Fri Oct 18 17:56:00 CST 2019 0 937
組裝之后的三代基因組進行polish

一:利用pilon軟件進行二代數據三代數據polish 准備數據三代數據組裝好的基因組文件:draft.fa illumina的雙端測序數據經過質控之后的數據:read1_fq.gz read2_fq.gz 比對(bwa) 構建索引 ...

Sat Jun 06 01:36:00 CST 2020 0 1189
三代基因組測序技術原理簡介

考慮到cnblog不適合基因組領域這種類型的文章, 最終,我自己開通了公眾號:鹼基礦工,歡迎感興趣的同學關注! 也可以關注我的知乎:https://www.zhihu.com/people/yellowtree/activities 2018年1月修改:這篇文章寫於2013年,首發 ...

Sat Aug 03 06:15:00 CST 2013 10 54687
組裝三代番木瓜基因組——by Serenity Fang

# 估算測序深度、reads數目、N50等值(自寫perl程序): $ perl ~/TangerScript/fqStat -i sunset.raw.subreads.fastq -g 372m 統計結果如下: # 基因組組裝三步走1. Correction 2. ...

Wed May 17 04:49:00 CST 2017 0 1763
三代全長轉錄組測序組裝

這些三代全長轉錄組測序的相關問題,可以幫到愛學習的我哦 1.什么是三代全長轉錄組測序 三代全長轉錄組測序,即利用PacBio三代測序平台對某一物種的mRNA進行測序研究。它以平均超長讀長10-15kb的優勢、結合多片段文庫篩選技術,實現了無需拼接的轉錄本分析,克服了傳統二轉錄 ...

Tue Jun 30 23:16:00 CST 2020 0 2071
一 二 三代測序技術

在日常的科研中我們時不時的會聽到小伙伴們在討論那些關於測序的東西,什么高通量測序,二測序,Sanger測序等等。今天我們就用最簡單的言語來講解一下這三種測序技術。 一測序技術,也被稱為Sanger測序,其實是由一個叫Sanger的人發明的一種測序方式。其利用了雙脫氧核苷酸會終止PCR的原理 ...

Sun May 19 18:37:00 CST 2019 0 1069
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM