最近需要繪制基因調控網絡,選擇了python語言中比較popular的networkx包,先上目前結果圖: 節點是基因或者其他實體,邊代表調控關系,黑色的邊代表抑制,紅色的邊代表激活,紅色的節點代表自我激活,黑色的節點代表自我抑制。 繪制的關鍵點:邊可以有不同的顏色,指向符號可以修改 ...
networkx是Python的一個包,用於構建和操作復雜的圖結構,提供分析圖的算法。圖是由頂點 邊和可選的屬性構成的數據結構,頂點表示數據,邊是由兩個頂點唯一確定的,表示兩個頂點之間的關系。頂點和邊也可以擁有更多的屬性,以存儲更多的信息。 對於networkx創建的無向圖,允許一條邊的兩個頂點是相同的,即允許出現自循環,但是不允許兩個頂點之間存在多條邊,即出現平行邊。邊和頂點都可以有自定義的屬性 ...
2019-04-15 10:37 0 9103 推薦指數:
最近需要繪制基因調控網絡,選擇了python語言中比較popular的networkx包,先上目前結果圖: 節點是基因或者其他實體,邊代表調控關系,黑色的邊代表抑制,紅色的邊代表激活,紅色的節點代表自我激活,黑色的節點代表自我抑制。 繪制的關鍵點:邊可以有不同的顏色,指向符號可以修改 ...
NetworkX是一個用Python語言開發的圖論與復雜網絡建模工具,內置了常用的圖與復雜網絡分析 ...
NetworkX是一個用Python語言開發的圖論與復雜網絡建模工具,內置了常用的圖與復雜網絡分析算法,可以方便的進行復雜網絡數據分析、仿真建模等工作。我已經用了它一段時間了,感覺還不錯(除了速度有點慢),下面介紹我的一些使用經驗,與大家分享。 一、NetworkX及Python開發環境 ...
學習目標 Graph:了解無向網絡的屬性以及它們如何使用NetworkX Graph類表 ...
networkx是python的一個第三方包,可以方便地調用各種圖算法的計算。 通過調用python畫圖包matplotlib能實現圖的可視化。 1.安裝 正好整理一下python第三方包的安裝方法。 setuptools 使用 ...
一.networkx 1.用於圖論和復雜網絡 2.官網:http://networkx.github.io/ 3.networkx常常結合numpy等數據處理相關的庫一起使用,通過matplot來可視化圖 二.繪制圖 1.創建圖 創建圖 ...
networkX tutorial 繪制基本網絡圖 用matplotlib繪制網絡圖 基本流程: 1. 導入networkx,matplotlib包 2. 建立網絡 3. 繪制網絡 nx.draw() 4. 建立布局 pos = nx.spring_layout美化作用 最基本畫圖程序 ...
最近用Java寫了個pagerank,發現最終算出來的PageRank值的和不是1,但是這個和應該是1的,所以就用python的networkx包中的PageRank算法做了一個測試: 打印結果是:1.0000000000000004,說明所有節點PageRank值的和確實 ...